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GCTA学习8 | 计算多性状遗传力和遗传相关
邓飞 2022-1-20 19:41
。前面的几节中,我们介绍了GCTA计算G矩阵,和单性状遗传力的计算,它本质上就是GBLUP的估计,但是速度快很多。本节我们介绍,两性状遗传力和遗传相关的计算。 1. GCTA计算两性状遗传相关常用参数 1.1 --reml-bivar(必须) 这部分,是使用reml的方法进行估计方差组分。默认的是AI算法,可以使用EM算法。 ...
个人分类: GWAS|1780 次阅读|没有评论
GCTA学习7 | 计算单性状遗传力和标准误
邓飞 2022-1-18 21:12
前面的几节中(请翻看博客之前的博文),我们介绍了GCTA计算G矩阵,本节我们介绍,如果使用GCTA进行遗传力的估计。 1. GCTA计算单性状遗传力常用参数 1.1 --reml(必须) 这部分,是使用reml的方法进行估计方差组分。默认的是AI算法,可以使用EM算法。 1.2 --reml-alg 指定迭代方法(非必须) ...
个人分类: GWAS|1882 次阅读|没有评论
GCTA学习5 | GCTA计算PCA及可视化
邓飞 2022-1-17 19:02
GCTA计算PCA时,要两步走: 第一步:构建kinship矩阵(有两种方法) 第一种:Yang的方法 --make-grm 0 第二种:Van的方法 --make-grm-alg 1 第二步:PCA计算 1. GCTA构建kinship的方法 使用 --make-grm-alg 进行设置,0位Yang的方法,1位Van的方法。 「Yang的方法:」 GRM = sum{ / }/N ...
个人分类: GWAS|1507 次阅读|没有评论
GCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵(kinship矩阵)
邓飞 2022-1-17 19:00
GRM矩阵,全称:genetic relationship matrix (GRM)。 GCTA计算GRM有两种方法 默认的Yang,--make-grm-alg 0 Van的方法:--make-grm-alg 1 GCTA计算GRM有两种形式 默认的二进制形式:--make-grm,或者 --make-grm-bin 文本格式(三元组):--make-grm-gz 1. GCTA计算GRM:二进制 下面这两个命 ...
个人分类: GWAS|1500 次阅读|没有评论
GCTA学习2 | 软件下载安装--windows和Linux
邓飞 2022-1-7 21:14
本篇,介绍GCTA这个软件的安装。 1. 安装包 GCTA官网 :https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/#Download 这个软件是开源的, 源码在github上 :https://github.com/jianyangqt/gcta 2. Linux安装测试 2.1 下载 在终端中运行下面命令: wgethttps://yanglab.westlake.edu.cn/ ...
个人分类: GWAS|1164 次阅读|没有评论
GCTA学习1 | 抛砖引玉--初步介绍
邓飞 2022-1-7 21:13
康德说:世界上只有两样东西是值得我们深深景仰的,一个是我们头上的灿烂星空,另一个是我们内心的崇高道德法则。 论起软件,也有两款软件,让我学习的过程中,不断的有所收获,不断的感慨功能的强大,一个是plink,另外一个是GCTA。 本篇介绍,是2020年的博客,里面的内容有些老了,最近,GCTA又增加了GWAS的模块fast ...
个人分类: GWAS|1103 次阅读|没有评论
R语言箱线图添加显著性--不同水平实现方法
邓飞 2021-12-29 21:25
本节,介绍一下箱线图实现显著性添加的方法,类似这种: 「单因素二水平T检验箱线图可视化」 「单因素三水平T检验箱线图可视化」 「单因素三水平柱形图」 「单因素三水平折线图」 「二因素柱形图」 「二因素折线图」 1. 单因素二水平 这种试验,比如有两个品种,株高的差异,每个品种调查 ...
个人分类: GWAS|1872 次阅读|没有评论
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第四篇,MLM模型中如何手动计算PVE?
邓飞 2021-12-25 12:25
「系列部分:」 GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第一篇,SNP解释百分比之和为何大于1? GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇,GLM模型中如何计算PVE? GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇,MLM模型中如何计算PVE? 今天介绍一下如何手动计算MLM模型GWAS的PVE结果。因为GAPIT中的MLM模型又PVE结果,但是常用 ...
个人分类: GWAS|1423 次阅读|没有评论
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第三篇,MLM模型中如何计算PVE?
邓飞 2021-12-24 19:44
之前,想研究一下GWAS分析汇中PVE(表型方差解释百分比)的计算方法,写了两篇: GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第一篇,SNP解释百分比之和为何大于1? GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇,GLM模型中如何计算PVE? 这里介绍第三篇:混合线性模型的GWAS,如何计算PVE。 1. R语言计算的PVE能否用于MLM模型? ...
个人分类: GWAS|1503 次阅读|没有评论
GWAS分析中SNP解释百分比PVE | 第二篇,GLM模型中如何计算PVE?
邓飞 2021-12-22 21:01
上一篇, 介绍了一下显著性的SNP,他们的解释表型变异百分比(PVE)之和,为何可能大于1. https://yijiaobani.blog.csdn.net/article/details/122093602 这篇我们介绍一下GLM模型中,PVE的计算方法。 1. 数据描述 协变量是PCA的前三个,数据具体如下: 「表型数据:」 16411641153.973423 16 ...
个人分类: GWAS|1510 次阅读|没有评论

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