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关于基因家族的期刊统计及内容浅析

已有 2651 次阅读 2021-4-22 08:34 |个人分类:期刊|系统分类:论文交流

目的:旨在于筛选几个较为容易接受基因家族类型文章的期刊,借助在线网站和文献查询结果。

第一步:

       利用在线网站https://www.geenmedical.com/,以关键字“gene family”检索,该网站直接可以统计出2019年接受最多的TOP10期刊,如下图所示:

图片.png

         将下载的文件导入网站进行分析,如下图所示:

图片.png


       直接将下载的XML格式文件,直接拖入新窗口,就会显示出相关分析内容得图表,按时点击查看和下载,如下图所示:

图片.png

       由上图可以看出2019年关于基因家族发文量最多期刊是《Int J Mol Sci》,影响因子为4.183,共发文39篇。根据需求,我选择期刊统计——一键下载,png格式的文件就下载好了。


第二步:

       在PubMedhttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/上检索以上10个期刊关于基因家族的文章,并统计文章所需要的分析内容。

       以期刊《Plant Physiol. Biochem》为例,输入关键字“(gene family) AND ("Plant Physiol. Biochem"[Journal])”,并选择PUBLICATION DATE为"1 year",结果如下图所示:

图片.png


         点击文章标题,查看result部分,将小标题复制粘贴至excel中,进行汇总统计,如下图所示:

图片.png


第三步:

       利用网站letpub(http://www.letpub.com.cn/index.php?page=journalapp),检索相应期刊的影响因子、审稿周期、接受率等等,剪切结果至PS中,将第一步中的结果与之对应,如下:

期刊统计.png


讨论:

       下面谈到的基因家族基本分析内容就是指基因家族成员的鉴定,进化树的构建,基因结构,染色体位置,启动子元件分析,保守结构域鉴定,基因复制事件,共线性分析,基因时空表达等等9个方面。结合上述分析,遂将以上10个期刊分为两类。

 第一类:《Int J Mol Sc》《Genes (Basel)》《BMC Genomics》《Sci Rep》《Genomics》《Int. J. Biol. Macromol.》:文章内容主要包括基本分析,逆境胁迫及激素处理下基因表达情况,《Int J Mol Sc》其中一篇文章谈到借助RNAi进行功能分析,《Sci Rep》其中1篇文章加入部分转录组分析的内容。

《Genes (Basel)》其中1篇文章分别谈到基因互作网络的预测,1篇文章谈到借助酵母双杂交验证互作蛋白。

第一类:《BMC Plant Biol》《Plant Physiol. Biochem》《Front Plant Sci》:文章内容主要包括基本分析,逆境胁迫及激素处理下基因表达,以及相关的初步功能验证试验,比如RNAi,VIGS,在拟南芥或烟草上超表达,验证互作蛋白,蛋白表达。

《FISH & SHELLFISH IMMUNOLOGY》此期刊属于海洋鱼类相关的,不进行讨论。


总结:

      以上文章得影响因子分布在2~5分之间,传统的基因家族分析类主要的分析内容包括基本分析加上qRT数据,但是越来越多期刊要求有相关功能验证内容,这是趋势。第一类期刊相对而言涉及较少的实验内容,减少了文章的工作量;第二类期刊涉及部分基因功能验证的内容,但是如果有完整的基因功能内容(基因敲除和超表达结果,加上互作蛋白的内容),估计也不会投此类期刊。如果你正在基因家族分析,愿意投哪个期刊呢?


备注:以上分析内容全是自己的拙见,存在诸多漏洞,请批评指正。



https://blog.sciencenet.cn/blog-2557039-1232760.html

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