计算重组率

李晓龙 2015-1-16 11:23

##file为bed文件：chr，start，end file1为10条染色体的cM数据：position，cM import os,sys import bisect for file in os.listdir(/share/xulab_10t/lxl/IBD_20141224_recobination): if file.endswith(_trop_trop.bed): file1=file.repla ...

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一个对fasta文件进行操作的python code

李晓龙 2015-1-15 16:22

##将inf1作为字典，在inf2中进行搜索，将匹配上的gene的fasat序列提取出来！ import os, sys for i in range(1,11): inf1=open(chr+str(i)+.gene.one,r) inf2=open(chr+str(i)+.raw.cds,r) ouf=open(chr+str(i)+.chr ...

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关于R中ggplot2画图的一些流水记录

李晓龙 2015-1-15 15:53

##形式1 data - read.table(chr6_trop_temp2.bed.hist.sort.filt,header=F) pdf(chr6_trop_temp2.bed.hist.sort.filt.pdf) plot(data ,data ,cex=0.005,pch=21,type=p,col=black,xlab=location,ylab=count,main=coveragebed plot) dev.off() ##形式2 ...

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