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提取指定位置的序列 extract fasta sequence by their position

已有 8620 次阅读 2014-11-9 17:12 |系统分类:科研笔记| 小麦, 提取序列

  我们要获得100个基因的启动子序列(ATG上游2k),我知道了这些基因atg的位置。

  我习惯举例子来说明问题,小麦3B染色体序列我们已经有了,fasta格式  ,格式如下:

>3B

CAACCAGAAAATTCTTTGGTAGGCATGAAGGTCTCTGTCACTTGTTCGCCGTTGCTTCAA

ATAATAAAGATCAATTATGCTGATTTTGTTGGGCCTAATACAAACTTGATTTACAAAATA

AATAACATGTAGAAAACAAACCTTGATTGCAATTATAATTTTTTCCTTAAGGTATACATT

GGTGGGAGAAGAAGTCCAACCAGTCATTTTCTCAATGTGATCCAATCAACTTAGCAACAA

TAACGATCCTTGGTTTGACATAATTAATTCCACCACAAGGTTGGTGATGCACCCAACTTC

TGAGCATTGGTGACCTAAACGCACAAGGAGGTTTGCTAGTAAAAACTAAGGAGAGTGCAC

GGTGCAGTTATGATTAAGATCAATAGTGGTAGTTCAGTTTTAACTTTTTGCAATCACAGA

GTCTTCTATTCATCCCGTTGCCTCCTATTACAACAATTTCTTCTATCTTTTGTTCCTCTT

GCATGCTCTACATATTTATACCTAAGTTCAACTATCTCATGAAATACTAAGATGGTGTTG

假如我要获得这条序列的第3-10个碱基,和第11-20个碱基

要提取的序列及位置信息放在1.txt

3B    3    10

3B    11    20

脚本 fastalocation.py

python fastalocation.py 3B.fasta 1.txt > 1.fa


fastalocation.py





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