关于OBItools

秦佳祎 2015-5-24 20:01

最近参与了 metabarcode workshop , 有幸得到Eric的亲自指点，在庆幸与感激之余，将点滴细节记录下来。 主要是关于Eric开发的OBItools，个人学习心得，用于分析metabarding marker的设计与测序结果分析。 OBItools 下载： https://pypi.python.org/pypi/OBITools 数据分析样本以及教程： http://pythonhos ...

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Perl 脚本编辑器

秦佳祎 2015-4-7 04:39

寻找脚本编辑器的初衷是Mac的Texteditor真心不好用。网络上有各路推荐，对于我这样的初学者应该都是差不多。 Vim：（下载安装以及基本信息）http://www.vim.org/ 入门使用教程： https://www.youtube.com/watch?v=RCHplpaPh98 简单了解Vim之后，对其进行简单设置，让它用起来更顺手： (对用户根目录之 ...

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BioPerl 安装

秦佳祎 2015-4-4 01:20

前面关于R代码的坑还没有填完，又开挖一个新坑。 OS 系统 Terminal 打开既能运行Perl 参考下述博文： http://blog.sina.com.cn/s/blog_5404ea4f0101ehj9.html 安装BioPerl 以下记录几项注意点： perl Build.pl ＃此处pl必须为小写 这个命令执行时间相当长，过程中不断的选择y进行操作的确认，某些步 ...

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R script

秦佳祎 2015-3-29 05:52

先挖坑，有空再来填。

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Summary of Anova Test

秦佳祎 2015-3-29 05:50

1. Normal distribution test for reproduction and growth data; 2. Binomial distribution test for survival/mortality data; 3. If the data didn’t follow the normality or binomially, the data could be transformed with either log of sqr or …..It should be tried until the data follow the distrib ...

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ImgeJ系列（二）图像处理之后的像素清点

秦佳祎 2015-3-29 05:46

根据上次测量长度的方法，摸索着进行虫口的计数，中间也找到了一些相关的文献，诸如网织红细胞的计数云云，终究，看似简单的东西亦有许多细节需要把握。 1、载入图像，选择菜单ImageJ→Type→8-bi,t将彩色图像变为8位灰度图像。 2、选择菜单ImageJ→Adujst→Threshold,选择合适的分割阈值,直到阈值化后的图像中所有 ...

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