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- SAM格式详解
- SAM是一种序列比对格式标准， 由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列 mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果 。 不同的软件，不同的时期，不同的研究方向，都会创建一种或者多种格式标准，当然根据当时的需要，创建符合需求的标准，也是最容易的事情，而反过来 ...
- FASTQ文件各行代表的意义详解
- FASTQ 文件格式最初是被桑格中心开发的用来储存测序序列及其质量的一种文件格式。 现在被 Illmina 来储存测序仪 产生的测序数据。 FASTQ 文件格式包括四行：例如 @HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT +HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973# ...
- 染色质免疫共沉淀技术(Chip-seq)
- 染色质免疫共沉淀技术 （chromatin-immunoprecipitation，ChIP），因其能真实、完整地反映结合在DNA序列上的靶蛋白的调控信息，是目前基于全基因组水平 研究DNA-蛋白质相互作用 的标准实验技术。ChIP技术由Orlando等人于1997年创立。 基本原理与过程 ：通过在特定时间点 ...
- 学习生物信息应该从哪里入手？
- 记得很久之前和别人讨论生物信息时，谈到自己对生物信息的感觉时，说了这么一句话：“ 对于做生物信息的人来说，计算机决定了你的效率，数学决定了你的高度，生物决定了你的境界 ”，生物信息本身就是，或者说目前至少是用计算机工具，以数学的方法，来解决生物问题的一个学科。所以这个问题应该 ...
- 什么是双端测序(paired-end sequencing) ?
- Paired ends 是指同一个DNA分子的两头，所以你可以先测一端，然后反过来再测另一端。测的这两条序列就叫做Paired ends. 很多时候，它又被叫做Mate Paires. 举个例子， 你的测序流程获得了若干的DNA分子，每个DNA的分子~500bp，这时你测DNA分子两头35bp，这时你会获得： tag1 序列 tag2 序列 tag1 ...
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