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reads回帖情况的评估——"双比对策略"

2015-2-10 08:09

转录组测序数据在分析过程中的应该对其每一步的产生结果，都做一下评估，也即质量控制(QC)。 reads回贴后， 回贴 情况也应进行相应的评估。 对于有参考基因组的物种来说，在将转录组测序数据回贴到基因组(如mm9.fa)之后，首先我们应该看一下回 ...

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芯片表达谱数据筛选差异表达基因

2014-12-3 22:59

差异基因的筛选是微阵列实验数据分析的最关键一步，后续的功能分析和功能预测都是基于这些筛选出来的差异基因，因此可以毫不夸张地说，目的明确的实验设计配合合理的差异基因筛选方法，是整个实验成功的关键。根据实验设计选择针对的差异基因筛选方法，主要方法有： 1) 单因素两组数据统计分析， t-test ...

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利用Tophat和Cufflinks进行RNA-Seq的数据分析流程(入门简介)

2014-12-3 22:15

其 基本流程图如下图 ： 1、 主要软件及其版本 T ophat v2.0.8b 、bowtie2、cufflinks v2.1.1 、samtools 0.1.7 、python 2.6.5 、R 3.0 2、分析过程文件 说明 1 ）tophat分析： 将每组样本的reads与参考基因组进行比对 分析结果文件：accepted_hits.bam、deletions.bed ...

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图解SOAPdenovo拼接过程

2014-11-30 00:10

我们都知道，测序本身并不难，难就难在基因组的后续组装拼接，因为它涉及到大量需要考虑的问题，如重复、倒位、覆盖率等等，于是如何有效的得到最后的序列或者有意义的Scaffold是做基因组面临的一个很大问题。不同的人去做会得到不同的结果，如N50、N90，scaffold数量等等。 下面简单介绍一下SOAPdenovo组装的一般过程 ...

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基于NGS的miRNA测序以及接头序列介绍

2014-11-30 00:03

一般成熟的miRNA长度在22nt左右，在过去miRNA主要是从已知的基因组序列中来预测，但是遗憾的是并不是所有的生物都有全基因组序列。现在随着新一代高通量测序技术的发展，即使没有全基因组序列我们也能从分离的RNA中直接测序，并且可以分析miRNA的表达丰度。 但是在测序过程中给我们往往会遇到的如下两个方面的问题： ...

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RNA-seq转录本拼接与重构的探讨

2014-11-29 23:59

RNA进行测序一直以来都被认为是一种发现基因的有效方法，而且这种方法还被认为是对编码基因以及非编码基因进行注释的金标准。与以前的方法相比，大规模平行RNA测序方法（massively parallel sequencing of RNA）极大增强了RNA测序技术的处理能力，使我们得以能够对转录组进行测序。 &nb ...

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