R的获取和安装

熊朝亮 2014-12-4 17:50

R可以在CRAN(The Comprehensive R Archive Network)上免费下载。 Linux,Mac OS X和Windows都有相应编译好的二进制版本。 根据你所选择平台的安装说明进行安装即可。 另外，可以通过安装称为包（package）的可选模块（同样可从CRAN下载）来增强R的功能。 CRAN链接: http://cran.r-project.org/ &nb ...

个人分类: 【技术-软件】|2176 次阅读|没有评论

DAVID使用教程

熊朝亮 2014-12-3 23:03

DAVID 是一个生物信息数据库，整合了生物学数据和分析工具，为大规模的基因或蛋白列表（成百上千个基因 ID 或者蛋白 ID 列表）提供系统综合的生物功能注释信息，帮助用户从中提取生物学信息。 DAVID 目前的工具可以实现以下功能 1.识别富集的生物条目，尤其是GO 条目 2.发现功能相关的基因集合 ...

个人分类: 【技术-软件】|25190 次阅读|没有评论

vim文本编辑器的使用详解

熊朝亮 2014-12-3 22:42

从事生物信息学的同事们肯定都会有使用 Linux 。而在这个系统下，初学者肯定会觉得在上面进行文本编辑很麻烦。但是等你都已经熟悉了这些操作之后，能够给你带来多大的方便呢，大家就看看下面的介绍吧。 用 Linux 的朋友一定会使用到 Vim 这个文本编辑器，它是由 Vi 发展而来的编辑器，其具有代码补齐、编译 ...

个人分类: 【技术-软件】|1977 次阅读|没有评论

cytocape软件的使用

熊朝亮 2014-12-3 22:28

在此为大家介绍一个开放源码的生物资讯软件 –Cytoscape ，它可以建构可视化的分子交互作用网络，并可将已有的基因表达信息 (gene expression profiles) 整合进此网络中，轻易观察分子间 ( 蛋白质 — 蛋白质 或 蛋白质 —DNA…) 的关联性。 Cytoscape 是 Institute ...

个人分类: 【技术-软件】|6483 次阅读|没有评论

高通量测序数据的质控工具---fastx_toolkit软件使用说明

熊朝亮 2014-12-3 22:22

高通量测序数据下机后的原始 fastq 文件，包含 4 行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量 reads 、去除低质量的 3 ’ 和 5 ’ 端，去除 N 较多的 reads 等，而针对高通量测序数据的质控软件也有很多，在这里给 ...

个人分类: 【技术-软件】|15056 次阅读|没有评论

FastQC检查二代测序原始数据的质量

熊朝亮 2014-11-29 21:46

当 二代测序 的原始数据拿到手之后，第一步要做的就是看一看原始reads的质量。常用的工具就是fastqc ( http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/ )。 fastqc的详细使用说明： http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/ 我们在服务器上用命令行来运行fastqc： f ...

个人分类: 【技术-软件】|5339 次阅读|没有评论

tophat的使用及参数介绍

熊朝亮 2014-11-29 21:33

TopHat简介: TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq数据分析工具。它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat有Linux和OS X x86_64编译版本，当然也可以使用原代码编译适合自己操作系统的版本。 其上游软件是 Bowtie ，下游是 Cufflinks 。 理论上，TopHat是针对Illumina Genome Analyzer而设计的软件，它偶尔也 ...

个人分类: 【技术-软件】|13073 次阅读|没有评论

转录组测序分析中cufflinks的使用及问题详解

熊朝亮 2014-11-29 21:16

在转录组高通量测序数据分析过程中，主要就是转录本的构建（拼接）及表达水平的衡量，其次还包括可变剪接之类的转录后修饰等研究分析。因此，做过RNA-seq转录组测序数据分析的童鞋们一定使用过或至少听说过 Cufflink s 这个软件。 Cufflinks是加利福尼亚大学伯克利分校数学和计算机生物实验室，由Lio ...

个人分类: 【技术-软件】|5140 次阅读|没有评论

本页有 2 篇博文因作者的隐私设置或未通过审核而隐藏