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PPT可以编辑R画的图了
马省伟 2019-4-21 21:55
PPT可以编辑R画的图了 废话少说,直接进入正题。 输入格式: 至少包括两列,一列是分组信息,一列是表型数据。缺失值使用NA表示。 保存为txt文件(如,genotype_phnotype_input.txt)。 输入文件格式 代码如下,请根据自己的实际情况修改 #加载如下R包 library (ggplot2) library (Hmisc) ...
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最近5年小麦有关miRNA
马省伟 2019-3-28 21:53
在 http://apps.webofknowledge.com 搜索的,关键词是 TI=((miRNA OR microRNA OR small RNA) AND (wheat OR Triticum))。 未做进一步的筛选,仅供参考。 看看这些文献,如果有时间还可以看看这些文献里引用的文献,或者在ncbi里查看哪些文献引用了某篇文献。 1 Development of species specific ...
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小麦有关的会议摘要——第十九届国际动植物基因组学大会
马省伟 2019-1-11 17:20
小麦有关的会议摘要——第十九届国际动植物基因组学大会 摘要网址 https://plan.core-apps.com/pag_2019/. 打开下面这个网址( https://plan.core-apps.com/pag_2019/search?query=WHEAT )就是与小麦有关的摘要等。 大概浏览了一些,今年随着小麦基因组的发表,很多和小麦有关的在线网站出现 ...
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转录因子富集分析
马省伟 2018-11-13 22:23
转录因子富集分析 转录因子因子富集分析背后的原理与GO,KEGG等富集分析是一样的。 这里还是使用Y叔的R包“clusterProfiler”。 首先我们要知道哪些基因是转录因子,并且属于哪一个转录因子家族。这个信息可以在这里下载(https://pan.baidu.com/s/12Zi-FvySMuaWyM2b9_2yuA)。这个文件中只需要两列,一列是转录 ...
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普通小麦染色体着丝粒位置
马省伟 2018-10-22 22:50
普通小麦染色体着丝粒位置 记得前面有小伙伴问我如何确定着丝粒的位置。今天我就把位置给大家,见下图。 该表来自今年science文章,应该是比较权威的。
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使用salmon和sleuth进行小麦RNA-seq差异表达分析
马省伟 2018-9-27 18:15
blast大家一定熟悉吧, 最近有大神爆出一个bug。也即参数“-max_target_seqs”并不是你理解的那样。下图红色箭头处是NCBI上的设置选项。根据NCBI的官方文件,这个选项是返回前N个最匹配的结果。如果我们设定为1,则表示返回数据库中最匹配的那个。但实际上却不是,该选项意味着返回数据库中第一个匹配良好的结果(si ...
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使用salmon和kallisto进行RNA-seq定量
马省伟 2018-9-7 22:44
salmon软件于2017年发表在Nature Methods,论文题目是“ Salmon provides fast and bias-aware quantification of transcript expression ” 。不到两年的时间被引250多次。 根据文中的描述,salmon要优于kallisto和express软件。 今天我们结合小麦最新的IWGSCv1.1版本的基因集,介绍下其定量流程,与kalli ...
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