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随着高通量测序以及生物信息学的发展,R语言在生物大数据分析以及数据挖掘中发挥着越来越重要的作用。
一:R语言基础介绍和环境搭建1.编程语言学习经历分享2.R语言数据操作技巧3.R语言与windows系统、Linux服务器及使用方法4.R 语言与生物信息数据的联系5.多组学数据的分析方法
6.R语言在生物信息学中的应用
二:R语言介绍及基本语法1.R语言发展脉络2.R与工作目录3.R的数据类型及结构 4.R中各数据类型的赋值与操作5.各种数据格式的读写及操作
6.经典生信数据R脚本编写
三:R基本绘图语法1.生物信息多组学大数据分析技巧与提升2.R语言基本绘图命令概述3.R语言高级绘图命令概述
4.R语言经典生信数据R脚本解析
四:R语言数据绘图基本方法1.R语言高级绘图命令概述2.基因组大小与基因含量的散点图3.绘制基因长度分布直方图4.绘制基因长度分布的频率分布密度曲线5.向图中添加数学公式
6.热图绘制及参数
五:R语言与各种图形绘制1.韦恩图、小提琴图、火山图、折线图、网络图、趋势图、箱线图2.相关性分析及共表达网络构建3.R语言与KEGG 富集分析实例4.R语言与GO富集分析实例
六:多组学数据整理方法1.多组学数据如何发表高分SCI论文,以RNA-Seq数据为例2.RNA-Seq前沿动态3.RNA-Seq实验设计4.非编码RNA分析手段、研究策略解析
七:多组学数据绘图方式1.数据重复性评估2.如何进行P值的筛选3.基因共表达网络构建与Cytoscape展示4.多组数据表达趋势聚类及深度解析策略
八:生物信息大数据其他绘图方式 1.进化树的编辑与美化2.网络图的编辑(蛋白互作、基因调控网络图的编辑)3.次生代谢基因簇寻找与绘图4.基因结构绘制5.启动子元件预测及绘图6.RNA二级结构绘制7.多样品韦恩图绘制8.多种作图方式结合9.高分辨率SCI论文图片生成
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