荷包牡丹为罂粟科荷包牡丹属多年生草本植物；茎紫红色，叶三角形，二回三出全裂，背面具白粉，和牡丹的叶片类似；总状花序有(5-) 8-11 (-15)花，悬垂在花序轴一侧，整体上形似心形的荷包。因叶型和花型分别似牡丹和古代的荷包，故得名“荷包牡丹”。

荷包牡丹花型优美，其花基部心形，外花瓣紫红色至粉红色；内花瓣长约2.2厘米，略呈匙形，先端圆形部分紫色，背部鸡冠状突起自先端延伸至瓣片基部，爪长圆形至倒卵形，长约1.5厘米，白色；下部囊状，囊长约1.5厘米，具数条脉纹，上部变狭并向下反曲，长约1厘米，上部变狭并向下反曲；背部鸡冠状突起自先端延伸至瓣片基部，白色爪长圆形至倒卵形，似悬挂的钻石。微风吹动下，众多花朵好似游动的金鱼，故其又得名“鱼儿牡丹”，宋朝诗人周必大有“鱼儿牡丹，得之湘中；花红而蕊白，状类双鱼，累累相比，枝不能胜压而下垂，若俛首然”的描述。

据中国植物志描述，荷包牡丹除作为观赏植物外，全草还可入药，有镇痛、解痉、利尿、调经、散血、和血、除风和消疮毒等功效。这里需注意的是虽然荷包牡丹的名字中有“牡丹”两字，但其和牡丹之间的亲缘关系很远。荷包牡丹为罂粟科荷包牡丹属植物，而牡丹则是芍药科芍药属植物（中国植物志描述的分类是毛茛科芍药属）。二者除叶型有些类似之外，花朵形态特征差异很大（植物描述参考中国植物志）。