软件版本：qiime2-2022.2

【目的】qiime2如何导入带质量值的FASTQ测序数据(fasta格式，本文暂无涉及)

使用QIIME 2，可以大致导入3种常见类型的fastq数据：

(一)采用地球微生组计划(EMP)标准方法产生的FASTQ格式数据

数据来源

格式描述

单端：

此类数据标准包括两个文件，扩展名均为fastq.gz，

1.一个是barcode文件，(barcodes.fastq.gz)

2.另一个是样品混样测序数据文件,(sequences.fastq.gz)

time qiime tools import \

  --type EMPSingleEndSequences \

  --input-path emp-single-end-sequences \

  --output-path emp-single-end-sequences.qza

双端：

此类数据标准包括三个文件，扩展名均为fastq.gz，一个是fastq.gz的正向序列文件；一个是fastq.gz的反向序列文件；一个是barcode文件，与序列对应。

time qiime tools import \

  --type EMPPairedEndSequences \

  --input-path emp-paired-end-sequences \

  --output-path emp-paired-end-sequences.qza

(二)CASAVA 1.8（Illumina Casava 1.8版本）多样本混合格式的FASTQ数据

【参考】科学网—Fastq 格式说明 & (Phred33 or Phred64) - 揭文才的博文 (sciencenet.cn)

数据来源

格式描述

单端：

在Casava 1.8单样本（单端）的格式中，有一个fastq.gz文件的包含每个样品的单端序列。样品文件名包括标识符，看起来像L2S357_15_L001_R1_001.fastq.gz。文件名中下划线分隔的区域代表的意义如下：

time qiime tools import \

  --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \

  --input-path casava-18-single-end-demultiplexed \

  --input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt \

  --output-path demux-single-end.qza

双端：

格式同上面单端，只是每个样本有一对文件。R1和R2代表正向和反向测序结果。

time qiime tools import \

  --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \

  --input-path casava-18-paired-end-demultiplexed \

  --input-format CasavaOneEightSingleLanePerSampleDirFmt \

  --output-path demux-paired-end.qza

(三)任何其他类型的fastq数据

自己创建一个名为“清单文件”的文本文件manifest。

在文件清单中，fastq.gz文件绝对路径必须精确，下面的示例说明了一个示例的fastq.gz数据的清单文件($PWD当前路径):

其他类型FastQ数据有四种常用格式变体，导入时必须将其指定为QIIME 2的类型。我们提供其中两种导入的示例：

V2是为了区别于旧版csv清单文件格式的导入。建议以新教程为准，更合理。导入质量值不同编码的两类文件Phred33/64 (一般Phred33比较常见，只有非常老的数据才有Phred64格式或测序公司非正常设置的结果，建议转换成了这个主流格式。质量值33类型的双端数据<Phred33V2>，划重点，此类型最为常用)

1.   SingleEndFastqManifestPhred33V2（质量值33类型的单端数据）

time qiime tools import \

  --type 'SampleData[SequencesWithQuality]' \

  --input-path se-33-manifest \

  --output-path single-end-demux.qza \

  --input-format SingleEndFastqManifestPhred33V2

2.   PairedEndFastqManifestPhred64V2（质量值64类型的双端数据）

time qiime tools import \

  --type 'SampleData[PairedEndSequencesWithQuality]' \

  --input-path pe-64-manifest \

  --output-path paired-end-demux.qza \

  --input-format PairedEndFastqManifestPhred64V2

--input-path为清单文件

【备注】

【参考】

QIIME 2教程. 09数据导入Importing data(2020.11) (qq.com)

QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2021.2) (qq.com)