kraken2个性化建库 2023-08-11

1.  kraken2 安装 1. 下载 Kraken2 下载地址： https://github.com/DerrickWood/kraken2/releases/tag/v2.1.3/ 解压 kra ...

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seqkit replace使用说明 2023-08-09

功能 ：使用正则表达式替换 name 以及 sequence 。 定义 ： name: 描述行； sequence: 序列行； seqid:name 第一个空格前的 I ...

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R语言默认工作路径设置 2023-08-06

方法 1 （ global options 设置 | 永久） 首先在 tools 菜单栏下，点击 global options 选项 然后在 default workin ...

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R和Rstudio安装说明 2023-08-06

R 安装 下载完 R安装包 下载地址为 ： https://cran.r-project.org   进入链接，如下图所示，在页面顶部提供了三个下载 ...

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pandas数据合并pd.merge 2023-07-08

模拟数据： df1 = pd.DataFrame({'Name': ,                 ...

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pandas中阶实战 2023-07-08

模拟数据： df = pd.DataFrame({'region': ,               &n ...

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taxonkit联合csvtk，生成Taxonomy（NCBI） 2023-06-12

命令 ： cat taxid.list | taxonkit lineage | taxonkit reformat -f "{k}t{p}t{c}t{o}t{f}t{g}t{s}" -F -P | csvtk cut -I ...

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Singularity安装（Linux） 2023-06-11

1. 安装依赖( root权限 ) Ubuntu系统： apt-get update -------------------- apt-get install -y build-e ...

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BLAST（NCBI）序列比对结果解释小记 2023-06-10

Query Sequence    |     Subject Sequence B last （见下图） : 1. Gaps 是 Query 和 Sbjc ...

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seqkit软件用法小记 2023-06-10

1.   根据 序列长度 过滤 seqkit seq -m 1000 raw.fasta >raw.len1000.fasta seq 选项 -m  序列长度筛选（过滤掉低于 ...

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