大多数重要细菌都被研究人员忽视了

估计不仅是微生物存在这种情况，动物植物也存在类似的情况，甚至生物分子或基因也存在类似情况。人们进行学术研究时，容易选择容易进行研究的对象，这样有利于利用既往的研究积累，容易写文章。但这会导致研究不全面。

以下是最受研究的20种细菌——大多数细菌都被忽视了

像大肠杆菌这样的模式微生物占据了科学家们的注意力，使得大多数已知细菌鲜少有专门针对它们的研究论文发表。

美国安阿伯市密歇根大学的微生物系统生物学家保罗·詹森想看看人工智能（AI）工具（如大型语言模型）能否整合关于不同微生物的研究。于是，他查找了其实验室所研究的一种细菌物种（一种会导致龋齿的名为远缘链球菌的生物）的所有相关论文，却发现他已经读过所有这些论文了，总共也就几十篇。

许多微生物学家会面临类似的情况——甚至更糟。在上周发布于预印本服务器bioRxiv的一项研究中，詹森发现，仅10种细菌就占了所有论文数量的一半，而将近四分之三的已命名细菌连一篇专门针对它们的论文都没有。

“我们对少数几种细菌已经了解颇多，”詹森说，“但对于很多细菌来说，根本没有可供语言模型、人工智能去读取的资料。”研究人员表示，那些对人类以及地球健康至关重要的微生物尤其缺乏研究。

模式微生物

和其他生命科学家一样，微生物学家也会研究模式生物，希望能从诸如大肠杆菌这类在实验室中表现良好的“宠儿”身上获得的见解可以适用于其他生物。

在很多情况下确实如此：分子生物学的基础就是建立在大肠杆菌实验之上的。但随着科学家们对每一份皮肤拭子、粪便或土壤样本进行测序，从而不断扩充微生物种类名录，发现新奇独特见解的机会也在增加。

最受研究的细菌：图表展示了在科学文献中发表论文数量最多的20种细菌。而且，所有文章中有一半只讨论了10种细菌。

为了量化微生物学对少数几种模式生物的偏向性，詹森查阅了一个包含43409种独特细菌物种的数据库，并统计了由美国政府运营的生物医学文献库PubMed所收录的、在标题或摘要中提及每种细菌的论文数量。

不出所料，大肠杆菌以超过31.2万篇的论文数量位居榜首，占总数的21%。排名前十的其余细菌主要是人类病原体，比如金黄色葡萄球菌（一种机会性感染病菌）、结核分枝杆菌以及幽门螺杆菌（一种可引发溃疡甚至癌症的胃部微生物）（见“最受研究的细菌”）。

但有74%的细菌物种在任何被收录论文的标题或摘要中都未被提及（“被忽视的微生物”）。而且，在过去25年里，已知细菌与受研究细菌之间的差距也在不断扩大，部分原因在于对微生物进行大规模测序的微生物组研究。

研究不足的微生物

意大利特伦托大学的微生物组科学家尼古拉·塞加塔对这项研究的结论感到沮丧——但并不意外。除了一两个例外，在健康人类微生物组中大量存在的微生物都没能进入研究最充分的50种细菌名单。而且塞加塔及其他研究人员发现的许多对人类健康很重要的生物甚至都还没有被命名，更不用说对它们进行研究了。“要让这些物种得到应有的研究水平，还有很长的路要走，”他补充道。

得克萨斯大学奥斯汀分校的微生物生态学家布雷特·贝克指出，在海洋和土壤等不同生态系统中发现的微生物也明显缺乏研究。“自然界中的优势生物没有一种在这个名单上，”他说，“这是个问题。”

被忽视的微生物：在43409种独特的细菌物种中，74%在任何科学出版物的标题或摘要中都未被提及。图表展示了PubMed中每种细菌及其对应的细菌学论文所占比例。

研究人员表示，纠正细菌学研究论文发表方面的偏向性并非易事，但要想从微生物组研究中获益，这么做又是很有必要的。其中一个挑战就是在实验室中培养那些缺乏研究的微生物：大肠杆菌之所以受欢迎，部分原因在于它易于培养。大多数研究得较为充分的微生物都具备这一特性。“这些都是容易处理的对象，”贝克说。

詹森乐观地认为，科学家们能够学会培养那些重要却缺乏研究的微生物。贝克认为微生物学家可以从大自然中获取灵感，研究在实验室中人工合成的微生物混合物：“通常这些微生物并不愿意独自生存，”他说。

大规模的研究工作或许也能填补这些空白。位于加拿大多伦多的项目经理尚塔尔·阿尔·哈比卜表示，开放科学非营利组织“协同创新”刚刚启动了一项耗资100万美元的项目，旨在描述1000种微生物在1000种不同条件（营养、氧气水平和温度各异）下的生长情况。该组织位于美国加利福尼亚州旧金山的科学项目负责人皮特·凯利补充说，这些数据将免费提供给科学家使用，有助于训练人工智能模型，以进一步深入了解微生物的生命活动。

同样参与“协同创新”项目的詹森表示，解决办法并不是让微生物学家摒弃像大肠杆菌这样的模式生物，转而青睐那些更奇特的物种。不过，他补充说：“如果我们继续以同样的方式开展微生物学研究，那要花上1万年时间才能对所有这些不同的微生物有很好的了解。”