生态位宽度（niche breadth）是指一个种群（或其它生物单位）在一个群落中所利用的各种不同资源的总和。在可利用资源量较少的情况下，生态位宽度一般增加，以使种群得到足够的资源。在可利用资源量丰富的环境中，可导致选择性利用资源，使得生态位宽度变窄。一个种的生态位越宽，该物种的特化程度就越小，也就是说它更倾向于是一个泛化种（generalist species），泛化种的生态位宽，具有较强的竞争能力；一个种的生态位越窄，该种的特化程度就越强，即它更倾向于是一个特化种（specialists species），特化种生态位窄，在资源竞争中处于劣势（张金屯，2004）。
1.示例数据和R语言代码
library(vegan)
generalists_specialists_partion <- function(tab, perm.n = 1000){
tab <- tab[, colSums(tab) > 0]
niche_caculate <- function(mat){
niche_value <- c()
for(i in 1:ncol(mat)){
P <- mat[,i] / sum(mat[,i])
niche_value[i] <- 1/sum(P^2)
}
names(niche_value) <- colnames(mat)
mat <- na.omit(mat)
return((niche_value))
}
obs_niche <- niche_caculate(tab)
occurence <- apply(ceiling(tab/max(rowSums(tab))), 2, sum)/dim(tab)[2]
mean_rela_abund <- apply(tab/max(rowSums(tab)), 2, mean)
all_simulate_mat <- matrix(ncol=dim(tab)[2],nrow=perm.n)
for(i in 1:perm.n){
sim_tab <- permatswap(tab, times = 1)$perm[[1]]
all_simulate_mat[i, ] <- niche_caculate(sim_tab)
cat(i/perm.n*100, "\r")
}
colnames(all_simulate_mat)<-colnames(tab)
all_simulate_mat <- as.data.frame(all_simulate_mat)
mean_niche <- apply(all_simulate_mat, 2, mean)
confidence_interval <-apply(all_simulate_mat,2,
function(x){quantile(x, na.rm = T, probs=c(0.025, 0.975))})
Sign <- ifelse(obs_niche > confidence_interval[2, ], 'Generalist',
ifelse(obs_niche < confidence_interval[1, ], 'Specialist',
'Others'))
stats <- data.frame(niche_value = obs_niche,
mean_niche = mean_niche,
lowCI=confidence_interval[1,],
uppCI=confidence_interval[2,],
Sign = Sign,
occurence = occurence,
mean_rela_abund)
return((stats))
}
library(ggplot2)
dt <- read.csv("filename.csv", comment.char = "", sep = ",", row.names = 1, header = T)dt <- t(dt)
res.stats <- generalists_specialists_partion(dt, perm.n = 1000)
#write.table(res.stats, file = 'filename.csv', row.names = T, sep = ',', quote = T)
res.stats <- read.csv("filename.csv",row.names = 1)
p1<- ggplot(res.stats, aes(log(mean_rela_abund), niche_value)) + geom_point(aes(color = Sign))+
scale_color_manual(values = c("#FF7F00","#4387B5","#00A087B2"))+labs(title = "xxx")
p1
2.结果数据
一个宽的生态位宽度可能表明该OTU能够在多种环境条件下生存，而窄的生态位宽度则可能表明它对环境条件更为挑剔。
——————来源未知，很久以前的代码了，侵权请联系我删除
https://blog.sciencenet.cn/blog-3617005-1453663.html
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