博文

一文学会质粒图谱绘制软件——SnapGene viewer

已有 7942 次阅读 2020-9-11 08:17 |系统分类:科研笔记

SnapGene viewer 是SnapGene 的免费版本，虽然它删减了一些功能，但对于初学者来说依然很实用哦。SnapGene Viewer包含与完全启用的SnapGene软件相同的丰富可视化，注释和共享功能。

https://www.snapgene.com/

这是软件简单的介绍哦！Map：显示图谱；Sequence：显示序列信息；File：打开、建立、保存相关文件等；Edit：编辑功能，包括复制选中一些序列等；View：切换几个视图等；Enzymes：显示、选择酶切位点等；Feature：显示、注释（命名）一些片段等；Primers：添加引物等；

接下来跟着小编来看看它的强大之处吧，在这里小编以分子克隆实验最常见的蛋白表达载体PET-32a为例，通过这篇文章可以很好的掌握软件的使用。

1 质粒可视化与酶切位点的选择

1.1打开NCBI网址 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，下载你所需要表达的gene。这里选择的是opaR基因,下载fasta/gb文件

1.2 打开fasta文件，观看酶切位点信息，一般会直接出现常见的酶切位点信息，目的基因的酶切位点与PET-32a的酶切位点相比较,在PET-32a里的酶切位点选择时，不能选择目的基因里的酶切位点，以免造成目的基因切断的现象。

1.3打开蛋白表达载体PET-32a，最好选取粘性末端与酶切条件一致(反应温度与缓冲液）的酶EcoR I与Xho I。（这里指的是双酶切体系）

2 引物设计

2.1 酶切位点的方向的选择

从这里我可以看出这个质粒基因表达的方向，EcoR I与Xho I的方向一定要看清哦，小伙伴们，看下面的氨基酸表达的箭头，EcoR I酶切位点虽然在后面，但是它要加在上游引物的前面哦，不要弄反了，这样你的基因会表达不出来的。

2.2引物长度

在目的基因的上下游截取15-21bp序列，点击Primers里的Add primers,根据小编的经验选取Tm值在50-60℃左右，在上述范围内选取合适的bp.

2.3上下游引物设计

给该引物命名，然后点击Insertion，在该引物上添加之前选择好的酶切位点序列，如图选择了EcoR I，点击Insert即可完成（必要时需要加保护碱基）,GC含量为40-60%，然后opaR-F引物为保护碱基CCG，EcoR I酶切位点GAATTC与目的基因18bp; opaR-R 下游序列的选取时点击Reverse Complement,这样就可以反向互补了，引物方向必须是5'-3'。