一、

1、conda activate orthofinder   #激活进入orthofinder,提前用conda安装好orthofinder及其环境变量

2、$nohup orthofinder -f co_evolution_protein/ -S diamond -M msa -T iqtree -t 200 -a 200 &

3、终端关闭，再次登录查看进程

jobs -l  #终端未关闭可用，选项可显示当前终端所有任务的PID，jobs的状态可以是running，stopped，Terminated：+ 号表示当前任务，- 号表示后一个任务。

#运行orthofinder：orthofinder -f ExampleData/ -S diamond -M msa -T raxml -t 8

①参数介绍及选择

orthofinder -f Dataset -M msa -S diamond -T iqtree -t 24 -a 24 > orthofinder.log &

（注：&  表示任务在后台执行，如要在后台运行redis-server,则有  redis-server &）

orthofinder参数详情：

-t 并行序列搜索线程数（默认= 16）

-a 并行分析线程数（默认值= 1）

-M 基因树推断方法。可选：dendroblast和msa（默认= dendroblast）推荐msa

-S 序列搜索程序（默认= blast）选项：blast，mmseqs,，blast_gz，diamond（推荐使用diamond，比对速度很给力）

-A 多序列联配方式，需要添加参数-M msa时才有效；（默认= mafft）可选择：muscle，mafft

-T 建树方法，需要添加参数-M msa时才有效，（默认 = fasttree）可选：iqtree，raxml-ng，fasttree，raxml（推荐）

-s <文件> 可指定特定的根物种树

-I 设定MCL的通胀参数（默认 = 1.5）

-x Info用于以othoXML格式输出结果

-p 将临时pickle文件写入到

-l 只执行单向序列搜索

-n 名称以附加到结果目录

-h 打印帮助文本

如果只需要查找直系同源基因，只需接“-f” 参数即可；此步也可建树，采用默认的建树方法fasttree，为无根树。

nohup orthofinder -f Dataset &      (注：nohup 英文全称 no hang up（不挂起），用于在系统后台不挂断地运行命令，退出终端不会影响程序的运行。)

如果添加-M msa -T iqtree设定制定参数，可按照设定的参数使用最大似然法构建有根的物种进化树，构建的树为STAG树。

nohup orthofinder -f Dataset -M msa -S diamond -T iqtree -t 24 -a 24 2> orthofinder.log &

关于构建系统进化树，有很多种做法，常见的有利用物种全部的蛋白序列，构建STAG物种树；也有使用单拷贝直系同源基因构建的物种进化树，关于这一点，OrthoFinder查找同源基因，可以输出直系单拷贝同源基因的序列结果，后续也可使用其他构树软件及算法进行进化树构建。关于建树方法，则有距离矩阵法、最大简约法、最大似然法以及贝叶斯；当然目前主流采用的基本为最大似然法和贝叶斯，其中贝叶斯算法计算量巨大，耗时最久，其构建的树也认为最为“逼真”，但文章中使用较多的还是最大似然法，其耗时也需蛮久。

正式运行Orthofinder，相当简单的操作,-f输入目录，里面包含你需要运行的蛋白质fasta文件， -t 所用到的CPU数目。基本的用法就如下，更多的可以去manual中查看。

orthofinder -f Mycoplasma/ -t 2

作者：君子一诺
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来源：简书
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