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权威细胞STR数据库简介与使用示例

已有 144 次阅读 2026-1-20 13:30 |系统分类:科研笔记

在细胞鉴定的世界里,获得STR谱图只是第一步,更关键的是与标准谱图进行正确比对。

一、核心数据库简介

1.ATCC(美国典型培养物保藏中心)

官网链接:https://www.atcc.org/

ATCC是一个非盈利性全球生物资源中心和标准组织,也是认证细胞系和微生物的主要开发者和供应商。

2.DSMZ(德国微生物与细胞培养收藏中心)

官网链接:https://www.dsmz.de/

DSMZ是德国的国家菌种保藏中心。该中心一直致力于细菌、真菌、质粒、抗菌素、人体和动物细胞、植物病毒等的分类、鉴定和保藏工作。该中心是欧洲规模最大的生物资源中心。

3.RIKEN

官网链接:https://www.riken.jp/en/

RIKEN成立于1917年,是日本最大的综合性研究机构,以在多学科领域开展高质量研究而闻名。

4.JCRB

官网链接:https://cellbank.nibn.go.jp/

JCRB历史可追溯至1983年,专注细胞系保藏与质控,服务医药研发。

5.CellosaurusExPASy

官网链接:https://www.cellosaurus.org/

CellosaurusExPASy)由瑞士生物信息学研究所维护的知识库,它整合了全球几乎所有细胞库的信息,是最全面的细胞系搜索引擎。

二、使用示例

当获取使用的细胞系STR图谱时,若使用的细胞系购自ATCC库时,优先官网比对。下面通过Cellosaurus演示,数据使用上海翼和生物检测的一株HEK293STR谱图。

image.png 

1. 在细胞系主页上,找到并点击“CLASTR”工具的链接。

 

image.png 

 

2. 进入CLASTR工具界面。填入HEK293STR数据

 

image.png 

 

3. 点击“Search”进行比对。

4. 解读比对结果:

结果页面会列出所有与HEK293 STR谱图相似的其他细胞系。

理想情况:最佳匹配的应该是HEK293自身,匹配度应为100%或接近100%

 

image.png 

 



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