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在细胞鉴定的世界里,获得STR谱图只是第一步,更关键的是与标准谱图进行正确比对。
一、核心数据库简介
1.ATCC(美国典型培养物保藏中心)
官网链接:https://www.atcc.org/
ATCC是一个非盈利性全球生物资源中心和标准组织,也是认证细胞系和微生物的主要开发者和供应商。
2.DSMZ(德国微生物与细胞培养收藏中心)
官网链接:https://www.dsmz.de/
DSMZ是德国的国家菌种保藏中心。该中心一直致力于细菌、真菌、质粒、抗菌素、人体和动物细胞、植物病毒等的分类、鉴定和保藏工作。该中心是欧洲规模最大的生物资源中心。
3.RIKEN
官网链接:https://www.riken.jp/en/
RIKEN成立于1917年,是日本最大的综合性研究机构,以在多学科领域开展高质量研究而闻名。
4.JCRB
官网链接:https://cellbank.nibn.go.jp/
JCRB历史可追溯至1983年,专注细胞系保藏与质控,服务医药研发。
5.Cellosaurus(ExPASy)
官网链接:https://www.cellosaurus.org/
Cellosaurus(ExPASy)由瑞士生物信息学研究所维护的知识库,它整合了全球几乎所有细胞库的信息,是最全面的细胞系搜索引擎。
二、使用示例
当获取使用的细胞系的STR图谱时,若使用的细胞系购自ATCC等库时,优先官网比对。下面通过Cellosaurus演示,数据使用上海翼和生物检测的一株HEK293的STR谱图。
1. 在细胞系主页上,找到并点击“CLASTR”工具的链接。
2. 进入CLASTR工具界面。填入HEK293的STR数据。
3. 点击“Search”进行比对。
4. 解读比对结果:
结果页面会列出所有与HEK293 STR谱图相似的其他细胞系。
理想情况:最佳匹配的应该是HEK293自身,匹配度应为100%或接近100%。
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