宏基因组/转录组去除宿主污染 2021-01-23

对于宿主（动植物）来源的宏基因组、（宏）转录组，去除宿主序列污染对于序列拼接等分析的准确定至关重要，我们可以通过将raw reads或初步质控后的clean reads ...

(9470)次阅读|(0)个评论

使用Aspera批量下载GeneBank和EMBL数据库数据 2021-01-21

    如果想下载GeneBank和EMBL的数据有很多种方法，对于小量的数据我们可以用ftp下载工具或wget等工具直接下载，对于大的数据为了保证数据 ...

(7319)次阅读|(0)个评论

基于crontab的进程守护方法 2021-01-20

用aspera批量下载几个T的基因组数据的时候，由于网络问题经常会使得apsera超时中止。如果不超时时间设置太长又怕无限期卡死了，这两种情况如果没有及时发现事情 ...

(3131)次阅读|(0)个评论

Docker中的linux系统添加中文支持 2020-12-18

新 pull 的 ubuntu等linux系统 镜像如果不支持中文字符 ，会导致路径下的所有中文内容不能正常显示，所以需要配置中文字符集支持。其实这个方法对于直接 ...

(4696)次阅读|(0)个评论

无法将grub-efi-amd64-signed软件包安装到/target中的问题解决 2018-01-16

UEFI引导模式的ubuntu安装时报错“无法将grub-efi-amd64-signed软件包安装到/target中“的问题是一个bug。解决方式很简单，在安装时联网，勾选“安装时下载更新 ...

(23669)次阅读|(0)个评论

宏基因组分析（2）：拼接及评价（SPAdes+QUAST） 2017-11-16

2.1 拼接 工具： SPAdes 网址： http://cab.spbu.ru/software/spades/ 引用： Bankevich A., Nurk S., Antipov D., GurevichA., Dvorkin M., ...

(14455)次阅读|(0)个评论

宏基因组分析流程（1）：质控 2017-11-16

宏基因组分析的第一步是质量控制，主要包括adapter 和低质量序列的修剪与去除。 工具： Trimmomatic 网址： http://www.usadellab.org/cms/index.php ...

(11479)次阅读|(0)个评论

查看更多