博文
- WebAtlas：整合单细胞和空间转录组数据
- WebAtlas ：整合单细胞和空间转录组数据 单细胞和空间转录组学阐明了组织的互补特征。计算集成可以协同这些技术来原位解析细胞类型和转录组。然而，整合数据集的在线传播和探索仍然具有挑战性。在这里， Li 等人介绍了 WebAtlas 管道，一个用户友好的共享和交互式导航集成的单细胞和空间转录组数据集 ( 图 1 ...
- miRSM 2.0文章发表：miRNA海绵模块识别与分析协议
- miRSM 2.0 文章发表： miRNA 海绵模块识别与分析协议 竞争内源性 RNA(ceRNA) 假说表明：各种编码和非编码 RNA 转录本共享 miRNA (microRNA) 响应元件（ MRE ） , 最终形成一个复杂的竞争性网络。这些 RNA 转录本充当 ceRNA 或 miRNA 海绵，相互影响彼此的表达水平，最终影响细胞的命运。已有研 ...
- SeuratExtend：通过集成和直观框架简化单细胞数据分析
- SeuratExtend ：通过集成和直观框架简化单细胞数据分析 近年来，单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 以前所未有的规模在各个生物学学科中彻底改变了我们对细胞多样性和复杂性的理解。这项技术的快速发展导致了计算工具和算法的爆炸式增长。截至 2024 年 4 月，报告了 1700 多种方法。虽然这种增量凸显了该领域 ...
- DrugRepoBank：药物重新定位综合平台
- DrugRepoBank ：药物重新定位综合平台 药物重新定位，也称为药物新用途或药物新任务，是一种旨在确定现有药物的新治疗应用的战略方法。这种创新方法揭示了已经被批准、停药、放弃或处于实验阶段的药物的新潜力。与耗时、昂贵和高风险的传统药物发现过程相比，药物重新定位为解决这些挑战提供了一种新途径，从而彻底 ...
- AutoCancer：早期癌症检测的自动化多模态框架
- AutoCancer ：早期癌症检测的自动化多模态框架 根据国际癌症研究机构 (IARC) 的最新报告，癌症是全球过早死亡的主要原因。国家统计局强调了早期检测对提高生存率的重要性。作为一种潜在的解决方案，液体活检，一种涉及非固体标本采样的非侵入性技术，提供了早期癌症检测和纵向跟踪的可能性。该技术分析血液、尿液 ...
- 构建和分析单细胞数据中的元细胞
- 构建和分析单细胞数据中的元细胞 随着单细胞测序变得更加经济实惠和广泛使用，单细胞基因组学数据集的数量和规模都呈指数级增长，并且没有放缓的迹象。目前，来自组织、器官和整个生物体的单细胞测序研究可以分析数百万个细胞。随着融合算法的发展，更大的图谱已经建立，数量达到数千万个细胞。历史上，大多数单细胞基 ...
- COMSE：基于模块特征选择分析单细胞测序数据
- COMSE ：基于模块特征选择分析单细胞测序数据 高通量单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 已经能够阐明每个细胞的转录组谱。 scRNA-seq 数据统计和机器学习分析为阐明诸如细胞命运决定和复杂疾病的发生和进展等现象背后的生物过程提供了前所未有的机会。然而，分析 scRNA-seq 数据面临三个主要挑战 :(a) 典型的 ...
- 深度学习在基因调控网络推理中的应用综述
- 深度学习在基因调控网络推理中的应用综述 生物学应用的最终目标是了解感兴趣的过程，从细胞的角度来看，这意味着了解基因如何相互调控。基因调控网络 (Gene Regulatory Network, GRN) 是一种具有良好解释性的图形结构，它揭示了生物体内基因表达的一套内在规律。在这个图中，基因被表示为顶点，它们之间的关系是边。 ...
- 不可见混杂因素下的动态因果关系推断
- 不可见混杂因素下的动态因果关系推断 在复杂的动力系统中识别因果相互作用是至关重要的，但在各个学科中都具有挑战性，包括生物学、生态学和深度学习，特别是在存在许多看不见 / 不可观察的混杂因素的情况下。在许多实际系统中，系统细节通常是未知的，只有一些观测值或测量变量是可用的。因此，开发一种准确可靠的 ...
- ExpOmics：赋予生物学家强大多组学数据分析能力的全面网络平台
- ExpOmics ：赋予生物学家强大多组学数据分析能力的全面网络平台 下一代测序和质谱等高通量技术产生的多组学数据是理解复杂生物系统的宝贵资源。然而，尽管这些数据具有潜力，但由于成本高、门槛高，挖掘和分析这些数据仍然具有挑战性。例如，多组学数据集的复杂性和多样性对缺乏生物信息学专业知识的生物学家在探索 ...
