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点集的几种几何外形参数
李继存 2017-12-23 07:21
2017-12-22 12:47:04 问题 : 给定空间点集, 计算与其外形相关的几何参数: 最小(体积)包围盒 最小(体积)包围球 最小(体积)包围椭球 最小(体积)包围圆柱 最小半径包围圆柱 可以再推广一下, 给定空间球(或椭球, 其他空间体), 求其上述参数. 再者, 这些参数之间的关系如何? 这是计算几何中的经典问 ...
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Blender分子渲染习作
李继存 2017-12-21 22:39
2017-12-21 22:22:26 分子可视化软件千千万, GaussView, VMD, PyMOL, Chimrea等各有各的特点, 也各有各的用户群. 萝卜青菜, 各有所爱, 也没有必要非争个一二三四, 你强我弱. 但这些软件渲染的图片看多了也不免审美疲劳, 难觉再爱, 所以就有人专门用那些小众的渲染程序, 特别是那些原本不是为生物和化学分子准备的程序 ...
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计算蛋白自由能形貌图的简单示例
热度 1 李继存 2017-12-14 07:50
2017-12-14 07:45:45 在以前整理的 GROMACS分子动力学模拟教程: 多肽-蛋白相互作用 中, 提到了一种使用 gmx sham 计算自由能形貌图的简单方法. 这种方法适用于计算那种和两个变量相关的自由能形貌图, 并且容易作图. 有些文章中给出的就是这种图, 比如很多蛋白的自由能形貌图中给出了自由能与回旋半径以及RMSD的关系, ...
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GMXTOP:集成MKTOP的原子类型判定代码
李继存 2017-12-9 10:21
2017-12-09 08:35:08 在常见的生成小分子OPLS-AA力场拓扑的脚本中, 有几个perl脚本, 其中可用性稍好一点的是 MKTOP , 最新版本是2.2.1. 这个脚本的原子类型判断虽然没有 TPPmktop 准确, 但也还不错. 它在判定原子类型时使用了很直接或者说有点笨的方法: 根据每种原子类型的特征去进行判断, 将每个判断依据硬生生写代 ...
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曲线的变形
热度 2 李继存 2017-12-6 08:10
问题 : 如何将一条曲线沿另一条曲线进行扭曲或变形? 是很早以前看到的一个问题了, 我也曾经遇到过相关的具体问题, 不过当时采用简单的方法解决了. 最近重新思考了一下这个问题, 得到了比较一般的解决方法. 举个例子来说吧, 对于圆柱螺旋线, 如果其轴心线变为正弦曲线, 那螺旋线如何变化? 如果我们将圆柱螺旋线视为有弹 ...
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下载整理中国哲学电子书的脚本
李继存 2017-11-21 11:06
2017-11-21 10:40:11 我喜欢将一些书的文本存在手机上, 这样可以利用碎片化的时间随时阅读几句. 中国的古文最适合这样的目的, 因为大多很短, 且言简意赅. 中国哲学书电子化计划 网站上有很多整理好的古文文本, 但保存不方便, 所以就想能不能自动下载整理呢? 根据网站的地址和格式分析了一下, 似乎可行. 脚本如下: ...
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使用GROMACS进行团簇分析
李继存 2017-11-11 22:04
2017-11-10 15:34:06 GROMACS自带了一个团簇分析工具 cluster , 但这个工具主要用于对蛋白的构象进行分类, 支持的通用距离文件为xpm格式, 基本没法使用由其他程序生成的距离矩阵, 除非修改源码. 在合金材料的模拟中, 有时需要对合金进行团簇分析. 自己写代码有点麻烦, 我们可以组合GROMACS自带的两个工具, mdmat 和 ...
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GROMACS分子动力学模拟教程:多肽-蛋白相互作用
热度 1 李继存 2017-10-26 07:47
原始文档: Molecular Modeling Practical 多肽-蛋白 ; Molecular Modeling Practical 泛素耦合酶 补充文档: Tsjerk A. Wassenaar, Molecular Dynamics Hands-on Session I Session II 参考译文: 淮海一粟, GROMACS教程 , GROMACS教程II-MD结果分析 ; 刘恒江, GROMACS教程整理 I GROMACS教程整理 II ...
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新版VASP轨迹文件转换为GROMACS格式
李继存 2017-9-26 15:55
2017-09-26 15:47:47 vasp轨迹文件的格式经常变动, 这样导致和vmd的插件不兼容, 查看的时候只能显示一帧. 我最近使用的vasp 5.4.4输出的轨迹文件XDATCAR就存在这个问题. 为了解决这个问题, 我写了一个简单的脚本, 将XDATCAR转换为gromacs格式以便使用vmd查看. 简单来说, gromacs的gro格式是一种类似于xyz的格式, 但其 ...
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