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AMBER高级教程A12:使用Amber11处理聚脯氨酸
李继存 2018-4-18 20:30
V. Babin and C. Sagui, April 27, 2010 原始文档 2018-04-18 07:21:03 翻译: 吴伟(东华大学) 摘要 本文介绍了几种利用sander程序(Amber 11中的MPI程序包)评估一条短聚脯氨酸链构象是否达到平衡的方法. 特别地, 本文还阐述了所谓的”拉伸分子动力学”和著名的”副本交换” 协议. 这篇文章的意图是 ...
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实时改变GROMACS拓扑的分段模拟方法
李继存 2018-4-10 09:37
2018-04-09 20:30:24 问 : 有没有办法在GROMACS运行中根据一定的条件改变体系的拓扑文件? 没有, 除非去修改GROMACS的源代码. 目前的大多数MD程序, 其体系的拓扑都是固定的, 是在运行前就决定的, 在整个MD运行过程中都不会改变. 只有这样, 程序才可以方便地进行并行化, 提高性能. 如果在运行时每一步都要重 ...
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AMBER教程C3:CPPTRAJ中的主成分分析
李继存 2018-4-5 10:27
Thomas E. Cheatham III, Daniel R. Roe Rodrigo Galindo-Murillo, AMBER 2015伦敦学术沙龙 分析入门: 主成分分析简介 原始文档 2018-04-04 21:25:04 翻译: 席昆(武汉大学) 本教程将使用 CPPTRAJ 中的主成分分析(PCA, principal component analysis )来研究序列为 d(GCACGAACGAACGAACGC) 的3 ...
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AMBER高级教程A2:耦合势的QM/MM(量子力学/分子动力学)模拟
李继存 2018-4-4 09:54
Ross Walker, 更新至AMBER15 原始文档 2018-04-03 20:48:38 翻译: 席昆(武汉大学) 自AMBER9发布以来, AMBER实现了通过完整的长程静电(PME)处理或者隐含水的广义波恩(GB)模型来进行快速且准确的耦合场下半经验的QM/MM模拟. 本教程是依据AMBER15中的第10部分的理论, 将系统部分用量子力学计算模拟处 ...
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gnuplot伪三维瀑布图
李继存 2018-4-3 11:45
2018-04-02 22:42:26 以前看到过一篇 gnuplot伪三维瀑布图的实现方法 , 觉得效果很好, 但也没有去试试. 最近有这方面的需求, 就试了试. 试过才知道, 原文章给出的代码对新版本的gnuplot不适用. 多方查证, 找到了几种替代的实现方法, 记在这里吧. 填充图 曲线颜色 直方图 参考 Varying fil ...
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AMBER高级教程A24 使用FEW(Free Energy Workflow)工具计算自由能
李继存 2018-3-27 11:06
Nadine Homeyer and Holger Gohlke, 原始文档 2018-03-26 21:44:05 翻译: 周盛福 请注意 : 此处介绍的FEW工具可以在AmberTools 14或更高版本中获取, 并可与AmberTools和AMBER 14或更高版本一起使用. AmberTools和AMBER 14可以按照 AMBER手册 中的安装指导进行安装. 在安装过程中会自动修复BUG并获 ...
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AMBER高级教程A1:建小分子与DNA体系(包括基本电荷计算)
李继存 2018-3-21 10:31
Bryan Leland, David Paul, Brent Krueger, Ross Walker( amber_tutorial_query@rosswalker.co.uk ) 原始文档 2018-03-20 21:13:36 翻译: 陈亚玉(福州大学) 注意 : 这些教程是为了提供如何使用AMBER软件套件来进行模拟的说明性例子, 这些模拟可以在合理的时间内在简单的工作站上运行, 但对特定的 ...
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canvas二维光照效果
李继存 2018-3-16 21:08
2018-03-16 08:06:04 2d canvas虽然效率不高, 但使用起来比webgl简单很多, 所以比较方便. 但在这种绘图模式下没有简单的方法来模拟光照效果, 目前的解决方法有三种: 使用自带的径向梯度效果来模拟, 可以采用多个梯度, 如果你提前已经知道了每个梯度的数值大小, 使用多个梯度可以很好的模拟光照效果 使 ...
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AMBER CPPTRAJ教程C1:RMSD分析
李继存 2018-3-16 11:25
Daniel R. Roe daniel.r.roe@gmail.com , July 2014 原始文档 2018-03-15 21:47:26 翻译: 席昆(武汉大学) 注意 : 本教程使用的是AmberTools14的CPPTRAJ 1. 简介 本教程描述的主要是MD模拟后最常用分析中的一种: 即坐标均方根偏差(RMSD). 此外还会标明在CPPTRAJ分析中读入的拓扑及参照文件. RMS ...
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