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AMBER高级教程A8:HIV-1整合酶核心结构域的环区动力学
李继存 2018-6-25 12:18
2018-06-24 23:03:19 翻译: 李传舜(江南大学) 在本教程中, 我将以我的一个研究项目为例, 向你介绍使用AMBER进行分子动力学模拟的基本步骤. 我们将要模拟的分子是HIV-1整合酶的核心领域. 但在开始任务之前, 让我快速给你一些关于这种特定分子的背景信息. 整合酶是复制HIV-1病毒所需的三种必需酶之一. 它的 ...
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matlab稳健回归函数文档
热度 1 李继存 2018-6-15 09:41
2018-06-14 20:39:44 regress 函数和 regstats 函数利用普通最小二乘法估计模型中的参数, 参数的估计值受异常值的影响比较大. robustfit 函数采用加权最小二乘法估计模型中的参数, 受异常值的影响就比较小. robustfit 函数可用来作稳健的多重线性或广义线性回归分析, 下面介绍 robustfit 函数的 ...
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构建纤维素(多糖)及其衍生物的GLYCAM力场拓扑文件
李继存 2018-6-8 12:03
2018-06-07 22:38:47 翻译: 吴伟 所用程序: AmberTools 17 Linux 版 我从GLYCAM网站上找到了[给多糖残基添加化学衍生物的方法 (http://glycam.org/docs/help/2014/04/04/adding-chemical-derivatives-to-glycam-residues/), 大概翻译如下. 给多糖残基添加化学衍生物 此教程适用于GLYCAM06-h及之后的残基库中的残基 ...
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高亮折叠命名列表格式的输入文件
李继存 2018-6-3 20:54
2018-06-03 00:17:40 在一些基于Fortran的程序中, 经常会在输入文件中使用命名列表(namelist)变量, 用于设定程序的一些选项. 像GAMESS, SAPT, AMBER, ORCA这些程序的输入文件, 都有这种情况. 使用这种格式的输入文件程序处理起来倒是方便, 但用户准备输入文件时就不那么方便了. 特别像GMAESS这样的, 还需要注 ...
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AMBER基础教程B3 色氨酸肽笼的全原子结构预测和折叠模拟
李继存 2018-5-17 09:16
Ross Walker 原始文档 2018-05-16 19:56:42 翻译: 张少波; 校对: 李继存 初始线型结构 色氨酸肽笼的NMR结构(1L2Y) 本教程旨在作为一个案例研究, 向您展示如何重现以下文章中讨论的工作: Simmerling, C., Strockbine, B., Roitberg, A.E., J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 11258-11259  ...
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xpm文件处理脚本
李继存 2018-5-10 08:06
2018-05-09 17:57:54 在输出二维矩阵数据时, GROMACS经常会使用xpm格式的文件. 虽然这种格式的文件可以使用 xpm2ps 转换为ps图片格式之后再查看, 但终究多了一步命令, 不甚方便. 我们需要找到一种方法, 直接双击就能查看xpm文件, 和查看其他图片格式一样. xpm是一种图片格式, 有些图片查看程序是支持这种格 ...
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AMBER高级教程A17: 伞形采样计算平均力势PMF
李继存 2018-4-27 06:05
Ross Walker Thomas Steinbrecher, 原始文档 2018-04-26 16:53:52 翻译: 刘杰 在本教程, 我们将学习怎样结合Alan Grossfiled的加权直方图分析方法(WHAM)去产生平均力势. 通常我们可能想要知道自由能随特定反应坐标的分布情况. 这种分布被称为平均力势, 它对识别过渡态, 中间产物和终点的相 ...
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GROMACS自由能计算中软核势的使用
李继存 2018-4-26 05:41
2018-04-25 16:24:25 The following is my notes about the GROMACS Soft-Core Potential for Free Energy Calculation Theory The soft-core potential between two states A and B is defined as V s c ( r ) = ( 1 − λ ) ...
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自动下载喜马拉雅音频文件
李继存 2018-4-21 20:25
2018-04-21 07:15:53 喜马拉雅网站上有一些有价值的音频可以下载, 但手动下载的话很是麻烦, 所以就看了一下能不能自动下载. 鉴于每个音频的网址好像是随机生成的, 所以没有办法完全自动下载, 只得利用autohotkey模拟手动下载, 速度慢点, 但还可用. ahk 1 2 3 4 5 ...
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Amber教程:涉及非标准残基的模拟
李继存 2018-4-19 20:32
Vlad 原始文档 2018-04-19 07:22:01 翻译: 许楠(浙江大学) 目标 本教程这一部分介绍创建 sander 输入文件所需要的AMBER程序/工具, sander 将使用它们执行非标准残基的能量最小化和分子动力学模拟. 本节采用的主要程序是 LEAP : 它是一个读入力场, 拓扑结构和坐标信息, 并生成正式计算(即能 ...
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