原始文档: Benjamin D. Madej, Ross C. Walker, Updated May 27, 2014, An Amber Lipid Force Field Tutorial: Lipid14 Edition 2018-02-06 15:18:22 翻译: 杨瑾阁; 校对: 吴萌 简介 脂类分子是磷脂双分子膜的重要组成部分, 在细胞信号和生理学过程中发挥着重要的作用. 如今Amber这类凝聚态分子动力学模拟软 ...
原始文档: AMBER ADVANCED TUTORIAL 3: MM-PBSA Perl Version By Ross Walker Thomas Steinbrecher Python Version By Dwight McGee, Bill Miller III, Jason Swails 2018-01-28 06:39:37 翻译: 袁媛; 修订: 李继存 本教程使用 mm_pbsa 脚本计算RAS-RAF蛋白复合物的结合能, 并对计算中的每一步 ...
原始文档: Benjamin D. Madej Ross Walker, An Introduction to Molecular Dynamics Simulations using AMBER 更新至AMBER 15: Aditi Munshi and Ross Walker 2018-01-16 10:37:52 翻译: 刘仲奇; 校订: 李继存 本教程是专为那些完全没有运行过分子动力学模拟的新用户, 或只有少量模拟经验的用户准备的 ...
原始文档: Jason Swails, Dave Case, and Taisung Lee, TUTORIAL B5: Simulating the Green Fluorescent Protein and building a modified amino acid residue 2018-01-07 07:43:02 翻译: 康文渊(湖南大学); 修订: 许楠(浙江大学) 在本教程中, 我们将要学习如何使用AMBER程序为一个设计修饰过的氨基酸构建残基模 ...
原始文档: Ross Walker and Sishi Tang, TUTORIAL B4: Simulating a pharmaceutical compound using antechamber and the Generalized Amber Force Field 2018-01-03 15:52:14 翻译: 李睿; 修订: 李继存 antechamber是AMBER自带的一组工具, 可用于准备有机分子的 prep 输入文件, LEaP可以读取这种输入文件并 ...