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Jerkwin

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测试| 成神颇难| 我的工具箱| 笑点低| 数学轮子| MetaPaper| 旧| github|

MSD算扩散系数的几种方法: 李继存 2018-7-20 11:34; 2018-07-19 22:10:28 利用均方位移MSD算扩散系数时, 最重要的是确定线性拟合的区间. 这在以前的博文中有说明. 在这里我总结一下确定拟合区间的几种方法, 并给出matlab代码供参考. 确定拟合区间的方法主要有下面几种: 动态扩散系数(RDC), 也就是查看MSD/6t的变化稳健拟合最小协方差行列式方法 ...; 13573 次阅读|没有评论

GROMACS团簇分析代码: 李继存 2018-7-12 09:47; 2018-07-11 20:41:53 以前简单说过使用GROMACS进行团簇分析的方法 , 是利用脚本组合 mdmat 和 cluster 这两个工具完成的. 最近又需要进行团簇分析, 就把这两部分的代码整理了一下, 组合成一个新程序 mdcluster , 并将其编译为GROMACS的内置模块, 这样就可以直接 gmx mdcluster 调用了, 更方便, 速度也更快了 ...; 6398 次阅读|没有评论

GROMACS编写轨迹分析工具的示例代码(gmx2018.2): 李继存 2018-7-10 09:23; 原始文档 2018-07-09 20:17:46 翻译: 苏耿; 校对: 包磊 GROMACS安装包括了一个使用轨迹分析框架编写轨迹分析工具的模板。它可以从安装目录下的 share/gromacs/template/ 和源代码分发中的 share/template/ 中找到。该文档的完整源代码也包含在本文档中： template.cpp 本页的其余部分将介绍代码 ...; 2702 次阅读|没有评论

GROMACS轨迹分析框架(gmx2018.2): 李继存 2018-7-9 10:43; 原始文档 2018-07-08 21:38:22 翻译: 包磊; 校对: 苏耿 GROMACS提供一种能够实现进行灵活轨迹分析的框架. 这个框架由几个组件组成, 这些组件可以单独使用, 但是在大多数情况下, 最好使用所有组件的功能来充分利用这个框架. 该框架主要的特点如下：支持灵活地选择一组坐标用于分析, 这些坐标可以是动 ...; 5113 次阅读|没有评论

AMBER高级教程A15：室温离子液体: 李继存 2018-6-29 07:16; 原作: Chris Lim and David A. Case, 原始文档 2018-06-28 17:45:16 翻译: 刘胜堂, 唐小峰(苏州大学) ( 译者注 : 离子液体指全部由离子组成的液体, 常见的盐需要在高温下才呈现液态, 如KCl, KOH等, 而在室温或者室温附近呈液态的由离子构成的物质称为室温离子液体, 如本教程中提到的室温离子液体 ...; 11047 次阅读|没有评论

gnuplot绘制RMSD的统计直方图: 李继存 2018-6-26 10:14; 2018-06-25 21:01:24 在进行蛋白的分子动力学模拟时, 经常需要查看RMSD, 看蛋白是否已经稳定. 计算RMSD的方法很简单, 直接 gmx rms 即可得到 rmsd.xvg , 然后就可以进行作图. 在展示RMSD演化图时, 经常还会同时给出其统计直方图, 这样可以更直观地看出RMSD是否已经稳定. 下面记录使用gnuplot作统计直方图的几 ...; 6042 次阅读|没有评论

AMBER高级教程A8：HIV-1整合酶核心结构域的环区动力学: 李继存 2018-6-25 12:18; 2018-06-24 23:03:19 翻译: 李传舜(江南大学) 在本教程中, 我将以我的一个研究项目为例, 向你介绍使用AMBER进行分子动力学模拟的基本步骤. 我们将要模拟的分子是HIV-1整合酶的核心领域. 但在开始任务之前, 让我快速给你一些关于这种特定分子的背景信息. 整合酶是复制HIV-1病毒所需的三种必需酶之一. 它的 ...; 6294 次阅读|没有评论

matlab稳健回归函数文档: 热度 1 李继存 2018-6-15 09:41; 2018-06-14 20:39:44 regress 函数和 regstats 函数利用普通最小二乘法估计模型中的参数, 参数的估计值受异常值的影响比较大. robustfit 函数采用加权最小二乘法估计模型中的参数, 受异常值的影响就比较小. robustfit 函数可用来作稳健的多重线性或广义线性回归分析, 下面介绍 robustfit 函数的 ...; 6375 次阅读|1 个评论热度 1

构建纤维素(多糖)及其衍生物的GLYCAM力场拓扑文件: 李继存 2018-6-8 12:03; 2018-06-07 22:38:47 翻译: 吴伟所用程序: AmberTools 17 Linux 版我从GLYCAM网站上找到了[给多糖残基添加化学衍生物的方法 (http://glycam.org/docs/help/2014/04/04/adding-chemical-derivatives-to-glycam-residues/), 大概翻译如下. 给多糖残基添加化学衍生物此教程适用于GLYCAM06-h及之后的残基库中的残基 ...; 5575 次阅读|没有评论

高亮折叠命名列表格式的输入文件: 李继存 2018-6-3 20:54; 2018-06-03 00:17:40 在一些基于Fortran的程序中, 经常会在输入文件中使用命名列表(namelist)变量, 用于设定程序的一些选项. 像GAMESS, SAPT, AMBER, ORCA这些程序的输入文件, 都有这种情况. 使用这种格式的输入文件程序处理起来倒是方便, 但用户准备输入文件时就不那么方便了. 特别像GMAESS这样的, 还需要注 ...; 2103 次阅读|没有评论

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