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利用plink转换AGCT为1234
郭军 2016-11-19 11:49
我的博文主要是分享一些数据处理技巧,并非真正的知识。等到有了大块时间,再与大家共享值得记忆的知识。 做GWAS分析时,多需要haploview 获取linkage disequilibrium参数。这是一项烦躁的工作,需要将AGCT逐个替换成1234。偶然间,发现plink有一个命令可以直接转换输出序列为1234格式。 这个命令就是 【--allele1 ...
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Genbank 批量查找snp信息
郭军 2016-10-31 14:39
最近忙于GWAS结果整理,茶饭吃起来都不香。屋漏偏逢连夜雨,Genbank偏偏把鸡基因组数据更新到5.0,要知道 Affymetrix给我的可是4.0版数据。为了方便读者,我的文章应提供基于5.0版的结果。好在我利用半天时间找到ncbi提供的批量转换snp入口: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/batchquery.html 页面最下端不显 ...
个人分类: 序列编辑|1974 次阅读|没有评论

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