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分享 PopART 绘制 Haplotype Network 图解(By Raindy)
高芳銮 2019-7-28 19:42
絮语: 重建单倍型网络是群体遗传学的一个重要分析内容,最常用的分析工具有Network、TCS等,但不同工具都有相应的优缺点,具有详见日志后的参考文献,本文不作赘述。 本文介绍一款 全能型的 单倍型网络重建工具-- PopART,该软 ...
个人分类: 软件教程|822 次阅读|没有评论
分享 多基因联合分析简明图解之PhyloSuite篇
高芳銮 2019-4-13 21:07
絮语: 虽然QQ空间已经写了两篇多基因联合分析的教程,随着新工具PhyloSuite的开发出炉,只需简单几步就可以完成多基因联合分析,本文以简明图解应用PhyloSuite进行多基因联合分析。 关键词 :PhyloSuite, PartitionFinder, MrBayes,数据分区,批量重命名树名称 数据准备 : (1)比对好的序列文件 ,每个基因序 ...
个人分类: 软件教程|2063 次阅读|没有评论
分享 选择压力分析之EasyCodeML完整篇(By Raindy)
高芳銮 2019-2-19 13:58
絮语: 自然选择是五种遗传力(突变、重组、选择、基因流、漂变)之一,选择压力分析更是进化分析中不可或缺的一项重要内容。虽然本人也整理过包括《 PAML FAQ 》、《正选择分析之 Branch site model 篇( By Raindy )》和《 EasyCodeML 使用指南》等 ...
个人分类: 软件教程|3471 次阅读|没有评论
分享 日期随机化检验(DRTs)之 TipDatingBEAST篇
高芳銮 2018-9-26 21:30
絮语 : 病毒(或其他病原)的进化速率(rate)和时间尺度(timescale)可以通过对具有时间结构(Time-structured)的序列进行系统发育分析获得,应用病毒序列的采样时间进行分子钟校准前,通常需要进行日期随机化检验(date-randomization test)判断分析的数据集中是否有足够的时间信号(Temporal signal)可用于校准 ...
个人分类: 软件教程|1799 次阅读|没有评论
分享 应用 PhyloMad对进化模型准确性进行评估(一)
热度 2 高芳銮 2018-6-30 08:46
(一)应用PhyloMad进行 核苷酸替换模型 准确性的检验 絮语 : 系统发育分析方法的准确性通常依赖于选择合适的进化模型,目前很多模型选择软件(jModelest、MrModelTest、ProtTest等)通过对许多候选模型的比较分析进行确定,但评估这些选择的模型是否真是 ...
个人分类: 软件教程|2036 次阅读|2 个评论 热度 2
分享 BEAST 分析 FAQ (20180302更新)
热度 2 高芳銮 2018-2-6 14:37
Raindy 注: 本文首发于本人QQ空间日志(https://user.qzone.qq.com/58001704/blog/1502418934),将不 定期更新,希望对初学者有帮助,欢迎关注。如需转载请保留原作者信息。 Q1: BEAST 有1.x 和 2.x 两个系列,如何选择? A1 : 可以根据分析不同目的进行选择,两个版本的特点简述如下: I ...
个人分类: 软件教程|7640 次阅读|2 个评论 热度 2
分享 图解核苷酸替代模型的选择 - ModelFinder篇(简明版)
高芳銮 2018-1-29 13:19
絮语: 替代模型的选择是进行最大似然(ML)和贝叶斯(BI)分析前不可获缺的一个重要阶段。对于核酸苷替代模型的选择,常见的MrMTGUI(MrModelTest/ModelTest)配置复杂,不易操作;jModelTest 支持界面操作,但是系统资源杀手。在大数据面前,这两款软件只能望洋兴叹,因而IQ-Tree软件中的 ...
个人分类: 软件教程|5242 次阅读|没有评论
分享 EasyCodeML 使用指南
热度 2 高芳銮 2016-5-3 17:44
一. EasyCodeML 的主要功能有哪些? (1)预置模式让用户彻底告别原CodeML晦涩高深的操作,只是轻松点击即可完成,尤其适合新手使用; (2)自定义模式让用户根据需要随时调整或修改相关参数,适合于CodeML老手使用; (3)可视化标记树的分支,所见即所得,具有高效、准确等特点,还可以避免由 ...
个人分类: 软件教程|14351 次阅读|6 个评论 热度 2
分享 群体结构分析之Structure 篇完整版(By Raindy)
热度 6 高芳銮 2016-4-4 16:46
【絮语】 群体进化分析过程,经常要涉及群体结构分析,其中Structrue是分析群体结构组分的常用软件,本博文详细图解Structure分析的相关细节, 首发于本人QQ空间(http://user.qzone.qq.com/58001704),如需转载,请保留作者信息,谢谢! 【相关软件 】 数据格式转化:GenAIEx、 xmfaconvertor ...
个人分类: 软件教程|29248 次阅读|9 个评论 热度 6

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GMT+8, 2019-9-19 18:54

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