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市场上常见流式数据分析软件和FlowJo之比较
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Why FlowJo?
很多人有这个问题,仪器本身就带有软 件,我为什么还需要第三方软件?
为了让大家了解不同软件之间的区别和功能, 下面将市场上常见的几款机器自身携带的软件 和FlowJo做一个系统的比较。
1.操作灵活性
FlowJo 可以在几乎所有的电脑操作系统上 使用, 你的电脑可以是PC的各种Windows系统 (WinXP, Win 7, Vista), 也可以是苹果 Macintosh系统,甚至FlowJo也可以在Unix系 统上操作。
相对于市场上其它的软件来说,像Becton Dickinson的CellQuest,只能在苹果机上使用, 限制了大部分的PC用户。而另外一款机器自 带的FACSDiva软件,则只能在其特定配置的 机器电脑上使用。FlowJo软件则可以安装到用 户自己的电脑上使用。只要电脑最低配置有 512MB内存,10G的空余磁盘空间就可以运 行。使用FlowJo的用户可以将数据从流式仪上 复制到自己的电脑上,从流式实验室繁杂的环 境脱离出来,在用户喜欢的工作环境中,边喝 咖啡或茶,边分析数据,而不必拘泥于对食物 和衣着有严格限制的实验空间。原来枯燥的实 验数据分析可以这样的简单轻松!
2.语言环境
FlowJo中文版,可以让广大的流式用户, 在自己熟悉的母语环境中分析数据。你不必去 猜测那些深奥难懂的英文术语,也不必犹豫猜 测某个英文窗口是什么意思。你可以很轻松的 将FlowJo的操作环境从英文更改为中文,而不必重新安装软件。FlowJo是目前市场上唯一一 款中文操作环境的流式分析软件。
FlowJo提供中文的操作手册,中文视频教 程和中文的技术支持服务。减少了很多语言的 障碍,尤其是对于英语不是他们的第二语言的 用户来说。
3.功能优势之-简单易学
很多流式用户希望可以很快的得到分析结 果,而不是花很多时间在学习一项新的工具 上。那FlowJo恰恰是满足了这个需求。不管你 有没有接触过流式及流式方面的基础知识,不 管你的背景,年龄,打开FlowJo之后,保证你 10分钟就可以上手,对你的实验数据进行分析 设门及数据导出!即使是80岁的老奶奶我们都 有信心其可以学会及掌握FlowJo!
FlowJo其独特的 流程和设计,让数 据分析像呼吸吃饭 一样的自然和简 单。这是其它软件 所不能企及的。
4.功能优势之-多种特殊分析模型
FlowJo 除了常用的流式免疫表型之类的 分析功能之外,还附带多种特殊分析模型, 如细胞周期分析,动力学分析(钙离子流量)及 增殖模型。这些都是软件自带功能并不需额 外购买。仪器自带的软件都不具备这些功 能。
5.功能优势之-采集后荧光补偿
FlowJo可以做数据的采集后荧光补偿。 BD公司的CellQuest,不具备这个功能。所谓 采集后补偿及在采集了实验数据和单染样品 之后,再在软件里进行荧光的补偿调节。很 多人倾向于在数据采集的时候进行荧光补 偿,并错误的认为那才是最正确的补偿方 式,其实这是一种非常错误的认识。在模拟 信号的机器上的荧光补偿很多时候是目测为 准,及大家都尊从的”横平竖直“的标准。目测 调整荧光条件可能会导致巨大的误差而不自 知。正确的方法是用方程式去计算阳性和阴 性细胞群的荧光强度中位数值(MFI, median fluorescence intensity),从而得到最佳的补 偿条件。Diva软件提供软件的自动计算功 能,但是却不能轻松的进行补偿后的调整。 FlowJo同时具备自动计算和补偿后的再调 节。是FlowJo里,你也可以再次的对你的补 偿条件进行微调,再也不用因为补偿出错而 懊恼了。
6.功能优势之-贴心功能设计
✦FlowJo里你可以自定义门的名称,如命 名门为”淋巴门”, “FoxP3阳性门” 或者英文 的”lymphocytes”, “FoxP3+cells”等等。各个 门不再是干巴巴的代号,而是有血有肉的精 确命名的细胞群。
✦图片的叠加,FlowJo图片叠加功能非常 好用,只需将2个图片拖在一起即可。而其它 的软件则可能需要很复杂的步骤才可以办到 或者是根本没有这个功能。叠加的图片还可 以制作成立体的三维图。
✦直接将数据导出到Excel文件!FlowJo可 以很轻松的将数据导出到Excel文件,省去了 很多抄写的麻烦。在很多老式的流式仪上, 如果你想要将数据结果导出来的话,只能打 印最终的分析文稿,或者手动抄写下来。欢迎你步入21世纪!FlowJo可以一步式操作, 直接将所有的样品数据导出为Excel文件。
✦3D 视图
✦动画数据导出。你可以将图片数据以动 画的形式导出为一个动态电影。
7.功能优势之-强大的分析功能设计
你知道什么是数据联接吗(Concatenate)? 顾名思义,就是将2个或者2个以上的FCS数 据,整合为一个FCS数据。这个数据联接功 能在以下情况下,可以帮你解决燃眉之急或 者将你的数据分析提高到一个新的档次
✦同一管样品,不小心分2次采集,生成了 2个FCS数据。如果你要分析的是表达量很低 的细胞群,单个FCS数据细胞总数不够的情 况下,你可以利用数据联接的功能将之合并 为一个数据。
✦在抗体滴定实验,或者是样品不同时间 点的药物处理及其它涉及到实验中样品只有 一个处理条件有变,其余参数均不变的情况 下,可以将不同的数据联接为一个,并将所 有数据点图呈现在一个图像窗口里,从而观 察随着条件的变化,细胞抗体表达的渐变过 程。你知道什么是校准,衍生参数轴,和细胞 群比较功能吗? 也许你从来没有听说过这些 功能,不过没有关系,如果想要了解更多详 细内容的话,可以参阅我们的网站,你也可 以下载FlowJo软件,开始30天的免费试用来 亲手体会FlowJo的强大!你也可以拨打我们 的热线电话400-680-5527,或者email: contact@flowjochina.com 获取免费的使用说 明和学习DVD。
www.flowjochina.com
www.flowjo.com
附件1. FlowJo与其它软件的功能比较表格
附件2. FlowJo被各大学术杂志引用数据
FlowJo 是被使用最广泛的流式数据分析软件,各大高影响力因子期刊发表的流式图表绝大部分 是用FlowJo分析的。如Nature Immunology收录的10篇文章里,有7.8篇文章用FlowJo做数据分 析。剩余的2.2篇是机器自带软件分析的。
https://blog.sciencenet.cn/blog-349948-419906.html
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很多人有这个问题,仪器本身就带有软 件,我为什么还需要第三方软件?
为了让大家了解不同软件之间的区别和功能, 下面将市场上常见的几款机器自身携带的软件 和FlowJo做一个系统的比较。
1.操作灵活性
FlowJo 可以在几乎所有的电脑操作系统上 使用, 你的电脑可以是PC的各种Windows系统 (WinXP, Win 7, Vista), 也可以是苹果 Macintosh系统,甚至FlowJo也可以在Unix系 统上操作。
相对于市场上其它的软件来说,像Becton Dickinson的CellQuest,只能在苹果机上使用, 限制了大部分的PC用户。而另外一款机器自 带的FACSDiva软件,则只能在其特定配置的 机器电脑上使用。FlowJo软件则可以安装到用 户自己的电脑上使用。只要电脑最低配置有 512MB内存,10G的空余磁盘空间就可以运 行。使用FlowJo的用户可以将数据从流式仪上 复制到自己的电脑上,从流式实验室繁杂的环 境脱离出来,在用户喜欢的工作环境中,边喝 咖啡或茶,边分析数据,而不必拘泥于对食物 和衣着有严格限制的实验空间。原来枯燥的实 验数据分析可以这样的简单轻松!
2.语言环境
FlowJo中文版,可以让广大的流式用户, 在自己熟悉的母语环境中分析数据。你不必去 猜测那些深奥难懂的英文术语,也不必犹豫猜 测某个英文窗口是什么意思。你可以很轻松的 将FlowJo的操作环境从英文更改为中文,而不必重新安装软件。FlowJo是目前市场上唯一一 款中文操作环境的流式分析软件。
FlowJo提供中文的操作手册,中文视频教 程和中文的技术支持服务。减少了很多语言的 障碍,尤其是对于英语不是他们的第二语言的 用户来说。
3.功能优势之-简单易学
很多流式用户希望可以很快的得到分析结 果,而不是花很多时间在学习一项新的工具 上。那FlowJo恰恰是满足了这个需求。不管你 有没有接触过流式及流式方面的基础知识,不 管你的背景,年龄,打开FlowJo之后,保证你 10分钟就可以上手,对你的实验数据进行分析 设门及数据导出!即使是80岁的老奶奶我们都 有信心其可以学会及掌握FlowJo!
FlowJo其独特的 流程和设计,让数 据分析像呼吸吃饭 一样的自然和简 单。这是其它软件 所不能企及的。
4.功能优势之-多种特殊分析模型
FlowJo 除了常用的流式免疫表型之类的 分析功能之外,还附带多种特殊分析模型, 如细胞周期分析,动力学分析(钙离子流量)及 增殖模型。这些都是软件自带功能并不需额 外购买。仪器自带的软件都不具备这些功 能。
5.功能优势之-采集后荧光补偿
FlowJo可以做数据的采集后荧光补偿。 BD公司的CellQuest,不具备这个功能。所谓 采集后补偿及在采集了实验数据和单染样品 之后,再在软件里进行荧光的补偿调节。很 多人倾向于在数据采集的时候进行荧光补 偿,并错误的认为那才是最正确的补偿方 式,其实这是一种非常错误的认识。在模拟 信号的机器上的荧光补偿很多时候是目测为 准,及大家都尊从的”横平竖直“的标准。目测 调整荧光条件可能会导致巨大的误差而不自 知。正确的方法是用方程式去计算阳性和阴 性细胞群的荧光强度中位数值(MFI, median fluorescence intensity),从而得到最佳的补 偿条件。Diva软件提供软件的自动计算功 能,但是却不能轻松的进行补偿后的调整。 FlowJo同时具备自动计算和补偿后的再调 节。是FlowJo里,你也可以再次的对你的补 偿条件进行微调,再也不用因为补偿出错而 懊恼了。
6.功能优势之-贴心功能设计
✦FlowJo里你可以自定义门的名称,如命 名门为”淋巴门”, “FoxP3阳性门” 或者英文 的”lymphocytes”, “FoxP3+cells”等等。各个 门不再是干巴巴的代号,而是有血有肉的精 确命名的细胞群。
✦图片的叠加,FlowJo图片叠加功能非常 好用,只需将2个图片拖在一起即可。而其它 的软件则可能需要很复杂的步骤才可以办到 或者是根本没有这个功能。叠加的图片还可 以制作成立体的三维图。
✦直接将数据导出到Excel文件!FlowJo可 以很轻松的将数据导出到Excel文件,省去了 很多抄写的麻烦。在很多老式的流式仪上, 如果你想要将数据结果导出来的话,只能打 印最终的分析文稿,或者手动抄写下来。欢迎你步入21世纪!FlowJo可以一步式操作, 直接将所有的样品数据导出为Excel文件。
✦3D 视图
✦动画数据导出。你可以将图片数据以动 画的形式导出为一个动态电影。
7.功能优势之-强大的分析功能设计
你知道什么是数据联接吗(Concatenate)? 顾名思义,就是将2个或者2个以上的FCS数 据,整合为一个FCS数据。这个数据联接功 能在以下情况下,可以帮你解决燃眉之急或 者将你的数据分析提高到一个新的档次
✦同一管样品,不小心分2次采集,生成了 2个FCS数据。如果你要分析的是表达量很低 的细胞群,单个FCS数据细胞总数不够的情 况下,你可以利用数据联接的功能将之合并 为一个数据。
✦在抗体滴定实验,或者是样品不同时间 点的药物处理及其它涉及到实验中样品只有 一个处理条件有变,其余参数均不变的情况 下,可以将不同的数据联接为一个,并将所 有数据点图呈现在一个图像窗口里,从而观 察随着条件的变化,细胞抗体表达的渐变过 程。你知道什么是校准,衍生参数轴,和细胞 群比较功能吗? 也许你从来没有听说过这些 功能,不过没有关系,如果想要了解更多详 细内容的话,可以参阅我们的网站,你也可 以下载FlowJo软件,开始30天的免费试用来 亲手体会FlowJo的强大!你也可以拨打我们 的热线电话400-680-5527,或者email: contact@flowjochina.com 获取免费的使用说 明和学习DVD。
www.flowjochina.com
www.flowjo.com
附件1. FlowJo与其它软件的功能比较表格
附件2. FlowJo被各大学术杂志引用数据
FlowJo 是被使用最广泛的流式数据分析软件,各大高影响力因子期刊发表的流式图表绝大部分 是用FlowJo分析的。如Nature Immunology收录的10篇文章里,有7.8篇文章用FlowJo做数据分 析。剩余的2.2篇是机器自带软件分析的。
https://blog.sciencenet.cn/blog-349948-419906.html
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