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共生:微生物组里“谁在干啥活?” 精选

已有 5189 次阅读 2008-3-17 15:04 |个人分类:科学方法|系统分类:科研笔记

Nature Review Microbiology点评我们的工作

译文如下:

共生:微生物组里“谁在干啥活?”
Susan Jones
 
最近的科学研究报道,不同的人具有不同的肠道细菌组成结构,然而将肠道细菌组成与它们对人体生理的作用加以联系的具体研究仍然很缺乏。在最近的一个研究报告中,李和她的同事们报道了一种以多学科交叉为特征的将肠道菌群(人类微生物组)的功能与宿主代谢表型加以联系的方法。更重要的是,通过这种功能元基因组学方法,他们“挑出”了在人体代谢中发挥明确功能的特定的微生物。
该研究以一个四世同堂的中国家庭为对象,分别采集7位成员两个时间点的粪便和尿液样品,运用分子和波谱学技术加以分析,并结合多变量统计学分析鉴定单个细菌种类与代谢物之间的关系。对这7个家庭成员粪便微生物的16S rRNA克隆文库分析发现人体肠道内以厚壁菌门和拟杆菌门这两大门的细菌最为优势,这一结果也与之前其他人的研究报道相一致。而从这一元基因组学研究中得到的信息用于设计特异性引物来筛选肠道菌群中的特定的微生物成员。然后,研究者运用变性梯度凝胶电泳分析不同的家庭成员中不同的肠道菌群组成结构。同时利用核磁共振分析尿液中代谢物组成,并结合多变量统计分析,将DGGE指纹图谱与代谢物组成加以联系。研究者的工作表明该法是可行的,他们发现了一种肠道细菌Faecalibacterium prausnitzii与一种代谢产物——3氨基异丁酸之间的已知的联系。此外还将20种尿液代谢物的形成与特定类型的细菌建立了关联关系。该研究发现有的细菌与多种代谢物有关,而有的只与一种代谢物有关,提示了人体代谢与肠道微生物共代谢的复杂性。
元基因组学数据因其变异大和只能定性的特点而难以用于多变量分析,但是著者指出基于测序技术的分析方法最终可以达到定量,在未来可以将特定的基因与特定的代谢物加以联系。这种新的方法能够鉴定出最能影响人体代谢的重要功能成员,这些细菌也将成为研究人体健康的热点。
 
原始研究论文:
Li, M. et al. Symbiotic gut microbes modulate human metabolic phenotypes. Proc. Natl Acad. Sci USA 105, 2117–2122 (2008)  
 
译自:Nature Reviews Microbiology 6, 256-257 (April 2008) | doi:10.1038/nrmicro1880

感兴趣者可下载原文:

 

Research Highlight in NRM

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