以肠道菌群为靶点的慢病预防分享 http://blog.sciencenet.cn/u/lpzhao 推广科学验证了的、数据驱动型健康维护方法—调膳食、改菌群、消炎症、降三高、减体 ...

博文

中国学者如何发高水平综述文章-个人经验谈 精选

已有 37432 次阅读 2014-5-4 12:59 |个人分类:科学方法|系统分类:论文交流|关键词:综述,自然| 自然, 综述

    中国学者如何发高水平的综述-个人经验谈

上海交大赵立平



       不久前,武夷山老的博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-1557-777251.html)引发了关于为何中国学者发表的高水平综述偏少的热议,《科技导报》记者李娜对此撰写了报道,发表在2014年第10期上,题目是,“中国高水平综述缘何产量低”。


       如果把在《自然》杂志的Nature Reviews系列刊物发表综述看作是比较高水平的综述的话, 我国学者第一篇该系列的综述是2003年由当时的北京基因组研究所,现在的深圳华大基因研究院的王俊为第一作者发表在Nature Reviews Genetics上的。从那一年开始,中国学者在Nature Reviews系列刊物发表综述的数量逐年呈上升趋势(见图),到这个月累计发表60篇。这标志着中国学者在相应的学科领域的学术地位在逐步上升。



      我本人在Nature Reviews系列刊物发表过2篇论文。一篇是贾伟教授牵头,我参加了部分工作,2008年发表在Nature Reviews Drug Discovery上面;另一篇是我独立撰写,2013年发表在Nature Reviews Microbiology上面。


       Nature Reviews系列刊物一般是由编辑发现和确定选题,然后邀请该方向的权威学者撰写综述。当然,也有作者自己把设想报给编辑部,经过编辑同意以后撰写发表的。2008年与贾伟教授合作的综述是我和他与帝国理工的Nicholson教授多次聊天形成的设想,即把肠道菌群作为一个药物的靶标,进行新药的开发。后来,贾教授把这个思路整理以后,与Nature Reviews Drug Discovery的编辑联系,对方表示感兴趣,然后开始撰写、投稿、修改,最终发表的。(http://www.nature.com/nrd/journal/v7/n2/abs/nrd2505.html) 


       2011年5月底,我在美国微生物学会111届年会开幕式上做了大会报告,Nature Reviews Microbiology (NRM)的编辑Andrew Jermy在会场上听了以后,对我讲的用“全微生物组关联分析”寻找与肥胖等慢性病有关系的肠道细菌的内容很感兴趣。会后,他发来电子邮件,问我是不是愿意写一篇关于用高通量测序和全微生物组关联分析研究肠道菌群与肥胖等慢性病关系的综述。接到这个邀请,我的确小小兴奋了一下,感觉这是一个很好的机会。当然,也同时感到挺有压力,要写好,的确不容易。答应了Andrew以后,我就开始收集资料和构思文章。特别是绞尽脑汁,提炼文章的核心观点。期间看了大量的文献,也与我们组的老师和同学做了大量讨论,但是,那个令人看了能兴奋起来的观点似乎就在离我不远处,可就是千呼万唤不出来。无论是NRM的刊物本身的定位,还是我自己对这篇综述的要求,都是很高的:要站在学科最前沿,为未来5-10年的发展方向提出自己独到的见解。我希望这篇综述让任何同行读了,都有新的收获,不但对原有的科学证据产生新的看法,而且对下一步如何继续深入探讨本领域最重要的问题:“肠道菌群结构变化与肥胖等慢性病发生发展之间是否存在因果关系”——能够产生全新的研究思路。


       这样的定位,决定了其产生过程必然是很艰难的。一开始,用类似“全基因组关联分析(GWAS)”的方法做“全微生物组关联分析(MiWAS)”的观点是很新颖的,但是,这种研究策略依然只能解决哪些肠道细菌种类与肥胖的发生有关联,并不能为解决“先有鸡,还是先有蛋”的因果关系问题提供太多帮助。当时,已经有不少用这种策略做出的高水平的论文,如果仅仅对它们进行综述,是比较容易的。不过,对于下一步如何发展,可能很难提出有震撼力的新思路和新观点。而且,我们实验室做的仅仅依靠测序来做相关分析的文章并不多,这就势必导致我的综述是以他人的论文为主,自己的工作引用并不多的局面,这是我不愿意看到的。


      在这两个想法的驱使下,我开始和Andrew商量,把文章的思路从用高通量测序做关联分析提高到讨论如何研究肠道菌群与肥胖病的因果关系层面上来。对于这样的改动,他是认可的。那时候,我们已经发现,从一个重度肥胖症患者体内分离的一株条件致病菌在无菌动物模型中可以引起肥胖症状,我希望把这个工作发表以后写到综述里面;另外,我们做了123个肥胖志愿者的营养干预临床试验,结果表明,改变肠道菌群与症状改善是有关系的,因此,也希望这个结果能发表以后放到综述里面。所有这些想法,Andrew都表示理解,当然,这样就会推迟综述的发表时间。我并不急着发这篇综述,我希望自己好好用功,把它写成一篇经得起时间考验的综述,也希望这篇综述能把我们的主要工作都引用上,介绍给世界同行。


      我们从肥胖病人肠道里分离到一个过度生长的病菌,接种给无菌鼠,可以复制出肥胖的典型症状的研究,其实遵循了研究传染病病因的“科赫法则”,确认了人的肠道里的确有能引起肥胖的细菌的存在。这虽然只是一个案例研究,但却为研究肠道菌群与肥胖这样的慢性病的关系提供了一个新的思路:我们可以像研究一种传染病的致病因子那样,从肠道里面分离和研究慢性病的致病因子。由于科赫法则是证明一种病菌与一种疾病之间因果关系最强的“逻辑法则”,如果我们的研究能满足这套法则的要求,我们提出的证明肠道细菌可以引起肥胖的证据就是最有说服力的。因此,经过将近一年的挣扎,一个有震撼力的新观点终于清晰地展现在我的面前了:按照科赫法则的逻辑结构,对现有的证据进行整理,然后,再提出,为了证明肠道菌群与肥胖病的因果关系,还需要继续做哪些工作。这样一个观察问题的角度和框架,在肠道菌群与慢性病关系研究领域是没有人明确提出过的。因此,在我们按照这个思路研究的主要论文发表以后,我也终于把写了足足有20稿的综述交给了编辑Andrew。他看了以后,告诉我,他很喜欢读我这篇东西,并给我提出了很多非常好的修改建议。就在我进行修改的过程中,Andrew告诉我,他调到Nature本刊去工作了,我的综述由NRM的主编Sheilagh Molloy继续负责编辑。和Sheilagh的合作同样是非常愉快的。经过几个月的努力,稿子终于送去审稿了。2013年4月23日审稿意见回来了,共有3位审稿人提出了修改意见。总的来说,大家还是很认可文章的写法的,其中一位评价说:该文章把已经被很多综述用过的文献以一个独特的思路重新组织起来,令人耳目一新。当然,大家也提了很多修改意见。我对照他们的意见,逐条进行了修改,如果不同意审稿人的说法,就给予详细的解释。文章经我修改以后,NMR的一位文字编辑又对文章做了非常细致的修改。当然,每一处修改,哪怕只是一个标点符号,我都仔细核对,看是否能接受。最后,论文里的两幅图,也经过美术编辑的重新绘制变得漂亮多了。7月30日,Sheilagh告诉我,论文已经签发了,将会在8月5日上线,并在9月这一期出版。(http://www.nature.com/nrmicro/journal/v11/n9/abs/nrmicro3089.html) 


      8月5日,论文上线后一个小时,Sheilagh把pdf版发给我了。看着这篇文章,仔细地读着每一个似乎已经读过无数遍的字,有一种无法抑制的喜悦从心头升起。看着这篇令我呕心沥血了2年多才发表的文章,有一种看到孩子出生的神圣感。


      在NRM发这篇综述,一切都起因于在美国微生物学会年会的大会开幕式报告。NatureReviews系列刊物的编辑每年都会参加很多学术会议,把握前沿动态,发现新的选题,邀请写综述的专家。


       随着越来越多的中国学者在国际会议上做报告,相信,他们的研究课题会更多地得到这些编辑的关注,从而被邀请写相关的综述。当然,如果你自认为有很好的选题,你可以直接与编辑联系,问他们是不是感兴趣。就像贾伟教授那样的毛遂自荐,也是发表高水平综述的好路子。

 

 




论文写作
http://blog.sciencenet.cn/blog-34761-791192.html

上一篇:再说为什么肥胖是一种疾病?再与曾庆平先生商榷
下一篇:中药“葛根芩连汤”可能通过改变菌群治疗糖尿病
收藏 分享 举报

99 高绪仁 孙学军 时志强 周健 武夷山 杨建军 喻海良 周洲 赵帅飞 李本先 刘欢 黄火明 李东风 张良辉 刘晓峰 杨正瓴 刘晓锋 苏力宏 李大斌 张波 陈冬生 高友鹤 唐常杰 田瑞强 于谨磊 温世正 朱建裕 强涛 张国庆 王维科 王琛柱 徐晓 牛伟博 李久煊 王随继 马兆武 许培扬 杜波波 麻庭光 邹祥 张文增 郑小康 符维成 王守业 耿文叶 刘淼 易会广 唐凌峰 李雷廷 陈理 陈钢 王锋 李伟钢 任胜利 林章凛 薛宇 刘全慧 何溢钧 黄育和 冯广达 李贵发 肖鑫鑫 黄永灿 刘军胜 李天成 杨滢晖 张芳 胡良军 张乾兵 赵凤光 蒲华 刘胜强 梁建华 陆泽橼 刘细本 宋华华 赵荣华 曾玉群 王春生 秦健勇 王秀康 刘永鑫 haoye htli chtang slytjiaofei euroacadman eastHL rosejump biofans Yoyoli123456 abang keyanqiusuozhe chenyishan gwc JIANHUN sikaozhe77 laojiang528 icu2005

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (57 个评论)

数据加载中...

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备14006957 )

GMT+8, 2018-2-19 10:10

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007-2017 中国科学报社

返回顶部