Data 文件书写步骤 lammps 中关键的一步是 data 文件的建立,这里总结 3 种不同的方法来建立 data 文件。(个人推荐方法二) 方法一: 首先 通过 Ms建立模型,然后输出cif或者pdb格式文件(最好用pdb格式文件,因为pdb格式文件包含电荷);其次,通过Atomsk进行格式转化,将cif ...
Kspace这个东西是为了处理库仑势。因为库仑势是1/r的函数,而且是长程势,计算1/r这样的函数很费时间,所以要用一个比较省时间的办法。Lammp目前共提供五种选择,除了none以外,就是r ewald or pppm or pppm/tip4p or ewald/n ,其中经典和基本的算法是Ewald,还有一种需要用Fourier变换的方法,叫PPPM。最后两种是它们的 ...
lammps中fix deform的理解 fix 5 all deform 1000x erate 0.002 units box #设置沿x方向拉伸,应变率为0.002(1/ps) fix ID group-ID deform N parameter args ... keyword value ... N是每N步实施一次变形,如果这个数越大,那么每N步变形就越大,如果这个数较小,比如说是1,那么每跑一步就变形一次 ...