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lammps关于rdf，msd，group/group，com几个参数的计算
周龙 2021-4-16 08:52
lammps关于rdf，msd，group/group，com几个参数的计算 1 rdf rdf又称g( r )，rdf的计算与输出通过以下命令计算输出： 1 2 compute ID group-ID rdf Nbin itype1 jtype1 itype2 jtype2 ... fix ID group-ID ave/time Nevery Nrepeat Nfreq value1 value2 ... keyword args ... 其中，Nbin类 ...
个人分类: lammps|6938 次阅读|没有评论
[转载]Moltemplate安装
周龙 2021-4-12 17:04
安装需要 Windows下子系统（WSL），Ubuntu 18.04 LTS Python安装， Python3.8.2 Moltemplate安装包，可git，可直接download压缩包， Package download Windows子系统安装 启动Microsoft Store，点击搜索输入Linux，在搜索结果内找出需要安装的Linux系统，我这里选择了Ubuntu，点击获取按钮，等待下 ...
个人分类: lammps|5015 次阅读|没有评论
势函数： Buckingham Potential
周龙 2021-4-10 10:10
在理论化学中，白金汉势是理查德·白金汉（Richard Buckingham）提出的一个公式，该公式描述了两个不直接键合的原子根据原子间距离 r 的相互作用的保利排斥原理和范德华能量 。 它是多种原子间电势。 在此， A ， B 和 C 是常数。 右侧的两个项构成排斥和吸引，因为它们相对于 r 的一阶导数 ...
个人分类: lammps|9593 次阅读|没有评论
周期性边界条件
周龙 2021-4-10 10:08
周期性边界条件（PBC）是一组边界条件，通常通过使用称为单位单元的一小部分来选择它们，以近似大型（无限）系统。PBC通常用于计算机仿真和数学模型中。二维PBC的拓扑与某些视频游戏的世界地图的拓扑相同。晶胞的几何形状满足完美的二维平铺，并且当一个物体穿过晶胞的一侧时，它以相同的速度重新出现在另一侧。用拓扑 ...
个人分类: lammps|17332 次阅读|没有评论
lammps相关软件篇
周龙 2021-4-10 10:07
1. Avogadro软件 Avogadro是先进的分子编辑器和可视化工具，旨在用于计算化学，分子建模，生物信息学，材料科学及相关领域中的跨平台使用。 它提供了灵活的高质量渲染和强大的插件体系结构。 该软件最重要的功能是： 跨平台：适用于Windows，Linux和Mac OS X的分子构建器/编辑器。 免费，开源：易 ...
个人分类: lammps|4685 次阅读|没有评论
[转载]fix command
周龙 2021-4-10 08:43
fix ID group-ID style args ID ： 用户指定的fix命令编号，当使用unfix取消时被用到 group-ID ： 原子编号 style ： 实现的功能 ave/time 对时间平均 fix 是整个lammps中最复杂最核心的指令，一切场景的设置都需要通过其来实现。比如说改 ...
个人分类: lammps|2192 次阅读|没有评论
thermo command
周龙 2021-4-10 08:41
thermo N N #每N步输出一次热力学状态 thermo_style style args style = one or multi or custom args = #one 和 multi 没有参数可选 custom args = step #输出当前总步数 &n ...
个人分类: lammps|1307 次阅读|没有评论
[转载]脚本结构-----循环and判断
周龙 2021-4-10 08:35
循环 next variable variable ：一个或多个变量 如果一个变量是个多值变量的话，其后调用next就可以按次序调用其下一个值。即便读取不同的脚本，变量的值仍被保留。例如index，loop等。如果这个变量的值用尽，则会传递给jump命令一个标记以跳过下一个jump，同时这个变量会被删除 。利用这个特性，我 ...
个人分类: lammps|1205 次阅读|没有评论
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