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gene GO注释信息归类打印: 俎峰 2019-6-21 17:59; 提前说明：文中所有￥均为$的替代，看官们在用的时间替换回来即可。文本提交后总有部分$符号不能正常显示，不得已使用￥代替$，没想到居然均可以正常显示，看来还是人民币魅力大啊。下载到油菜darmor参考基因组GO注释文件，发现其格式是如下格式： BnaC09g12820D GO:0046983 BnaC09g12810D GO:0003922 ...; 个人分类: perl|2204 次阅读|1 个评论

perl map函数与数组切片组合使用实现文本列的提取: 俎峰 2019-6-20 17:13; 注：文中所有￥均为“$”的替代，总有部分“$”不能正常显示，不得已使用￥代替使用Perl语言对文本逐行处理较为容易，如将fastq格式文本转换为fa文本。而如何便捷地实现文本列的提取并将之赋值到数组供进一步分析使用？文本 ID_alias ￥head ID_alias BnaC09g12820DGSBRNA2T00000001001 BnaC09g128 ...; 2039 次阅读|1 个评论

perl脚本实现gene ID号与alias的对应替换: 俎峰 2019-6-19 18:19; 甘蓝型油菜Darmor参考基因组的cds文件的序列编号为gene的alias，如“GSBRNA2T00121640001”；而文章发表习惯使用gene的ID号，如“BnaC09g12820D”。需要将brassican_napus_v4.1.chromosomes/Brassica_napus.annotation_v5.gff3.cds.fa文件中的gene alias对等替换为gene ID 生成新的fa文件，以便建立blast数据库。之前使用 ...; 个人分类: perl|3957 次阅读|1 个评论

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