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通过在Amber的控制文件&Cntrl的list里写入某些mask关键词,可以进行限制性的优化或跑动力学。amber里可进行限制性的操作有:
1.固定某些原子
关键词:ibelly, bellymask
两个词需同时指定才能达到固定原子目的。如:
ibelly=1,
bellymask="不被固定的原子"
解释:ibelly表示flag for belly type dynamics.当ibelly=1时,表示某些原子被固定,某些原子可移动。可移动的原子通过bellymask指定。
2.给某些原子加上束缚力
关键词:ntr, restraint_wt, restraint_mask
三个关键词需同时指定。如:
ntr=1,
restraint_wt=100.0
restraint_mask="被束缚的原子"
解释:
ntr:Flag for restraining specified atoms in Cartesianspace using a harmonic potential. ntr>0时,需同时指定restraint_wt, restraint_mask。
restraint_wt:The weight (in kcal/mol−Å2) for thepositional restraints.The restraint is of the form k(∆x)2,where k is the value given by this variable, and ∆x is the difference betweenone of the Cartesian coordinates of a restrained atom and its reference position.手册给出以上定义。这个值的大小如何选取?参考力场文件里相应的键的力常数一项且注意单位是否一致(如prmtop文件里%FLAG BOND_FORCE_CONSTANT这一部分数据)
restraint_mask:指定被束缚的原子。
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在bellymask=" " 以及restraint_mask=" "中,如何选定目标原子?
以下:
在""中可以指定的有:原子或者残基的编号或名字。规则如下:
以:指定残基的编号或名字
以@ 指定原子的编号或名字
以 @% 指定原子类型
如:
:1-10,12,15-20 表示1-10号,12号,15-20号残基
:ASN,CYS,HIS 表示体系里所以ASN,CYS,HIS氨基酸
@1-200,220 表示1-200号原子和220号原子
@CA,C,O 表示体系里atom name 为 CA,C,O的三个原子
@%CT,N3 表示体系里atom type 为CT,N3的所有原子
复合选项:
&表示and
|表示or
!表示否定,即不包括的意思
()表示优先
距离范围选项:
<:
>:
<@
>@
通配符:* 和 =
*表示代表所有。如:
:* 表示所有残基
@*表示所有原子
@%N* 表示所有N原子的原子类型,即所有N原子。
=只能去匹配原子或者残基的名字,且只能匹配名字的后面部分,即:
:AS= 所有以AS开头的残基名称,即所有ASN,ASP氨基酸
@H= 所有以H开始的原子名称,即所有H原子
:=A 这样是不对的,=不能指定原子或残基名字的开端。
一些例子:
"@C=& !@CA,C"
所有C原子,但不包含名字为CA,C的碳原子。
":1-3@CA"
1-3号残基中的名字为CA的原子
"(:1-3@CA| :5-7@CB)"
1-3号残基中的名字为CA的原子和5-7号残基中的名字为CB的原子
":CYS,ARG& !(:1-10 | @CA,CB)"
所有CYS,ARG残基里的原子,但是不包括1-10号残基的原子,和所有名称为CA,CB的原子。
"!@H="
不包括H原子,即包括所有重原子。
":5<@4.5"
距离5号残基在4.5埃范围内的所有原子
"(:1-55<:3.0) & :WAT"
距离1-55号残基在3埃范围内的所有的水分子(WAT是水分子的segname)
":1-160&!@H="
1-160号残基中的所有重原子(即除去H原子)
详见Amber12版的manual,附录C。
完!
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