蛋白+溶剂的模拟，在vmd里看mdcrd时，会出现视觉上溶剂盒子跑飞掉的的效果，此时可对mdcrd做image，所用程序：cpptraj

方法：

$cpptraj -p dhfr.prmtop -i dhfr.ptraj

解释：

-p dhfr.prmtop 指定跑轨迹时所用prmtop文件

-i dhfr.ptraj 指定ptraj文件

ptraj文件是自己写的，内容可参考以下：

trajin dhfr.mdcrd

trajout dhfr_reimaged.mdcrd

center :1-160

image familiar

go

解释：

trajin dhfr.mdcrd 导入mdcrd文件

注：此处如果连续导入多个mdcrd文件，比如：

trajin dhfr1.mdcrd

trajin dhfr2.mdcrd

此时trajout输出的结果是两个mdcrd按顺序拼接起来得到的结果。

trajout dhfr_reimaged.mdcrd  输出reimage之后的轨迹

center :1-160 蛋白+配体的残基编号，总之是非溶剂和抗衡离子的residue编号

image familiar  

go   进行image

完！