科学网—gncorner的博文

分享 [转载]文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析（下）

马云龙 2019-5-23 13:29

上一期的推送中我们简要介绍了一篇发表在《 Neuropsychopharmacology 》上的精神分裂症环状RNA研究，文章通过对来自DLPFC脑区的转录组测序数据进行分析，揭示了精神分裂症相关环状RNA的表达图谱。接着上期的内容，我们来继续探讨文章后半部分更为高级的生信分析内容。环状RNA的表达变化是否与宿主基因相关联？ ...

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分享 [转载]文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析（上）

马云龙 2019-5-23 10:56

环状RNA的研究依旧如火如荼，但在精神分裂症（schizophrenia ，SCZ）中的研究还是比较匮乏的。今年2月，发表在《 Neuropsychopharmacology 》上的一篇文章首次系统的分析了精神分裂症中环状RNA的表达图谱。这篇文章几乎全是生信分析，且从投稿到接受仅仅只用了三个月的时间，由此可见其行文的严谨性。那么，究竟是什 ...

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分享 [转载]2019年精准健康•医学大数据•人工智能国际高峰论坛暨第六届精神遗传学峰会在杭州召开

马云龙 2019-5-23 10:21

杭州，这座底蕴深厚的历史人文古城，自古人杰地灵，名家辈出。 2019 年 4 月 21 日至 23 日， 2019 年精准健康·医学大数据·人工智能国际高峰论坛暨第六届精神遗传学峰会在杭州国际博览中心隆重召开。本次会议由杭州高六博生物科技有限公司主办，树兰医疗集团、基因慧承办，杭州浙大同力会展业管理有限公 ...

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分享 [转载]寻因溯果 — — 浅谈孟德尔随机化及其在GWAS研究中的应用

马云龙 2019-5-23 09:59

要聊起今天的话题就得从流行病学讲起。人们通常采用随机对照试验（random control trial, RCT）研究暴露因素X与疾病结局Y之间的直接关联证据，但该方法往往受限于人类医学伦理与诸多的试验设计，再加上近年来广泛出现的大样本GWAS数据，表观遗传学以及各种“组学”数据，使得在因果关系推断的研究中面临诸多挑战。借助孟德 ...

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分享 [转载]R语言制作热图的一个小实例

马云龙 2019-3-20 15:40

热图（heatmap）用不同的颜色和颜色的深浅来展示数据之间的差异，直观、美丽、大方，深受科研工作者的喜爱，尤其是转录组类的文章里，几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作，比如我们最常使用的excel；还有一款比较好用的制作热图的工具是CJ大神开发的工具TBtools，在公众号生信札记有比 ...

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分享 [转载]热点聚焦：2019精准健康-医学大数据-人工智能国际高峰论坛暨第六届中国遗传学峰会

马云龙 2019-3-20 10:48

2019年4月20-23日中国杭州 1 会议简介 2019 精准健康·医学大数据·人工智能国际高峰论坛暨第六届中国遗传学峰会 (2019 International Summit on Precision Health, Big Data Science and Artificial Intelligence ＆The 6th Summit of Chine ...

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分享 [转载]16S测序分析系列（一）菌属丰度表获取

马云龙 2019-3-20 10:14

Miseq 16S amplicon V3V4 PE300 测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从 Miseq 测序数据中快速提取出可以用来统计分析的菌属相对丰度表 ”的工作流程。该丰度表是做菌群研究最为基本的数据，要想发文章还必须做大量的统计分析。在以后的文章中我们会继续推出一 ...

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分享 [转载]Circ-Vav3作为gga-miR-375海绵能够促进上皮-间质转化

马云龙 2019-3-19 16:26

ALV-J 是一种能够在鸡群中通过水平传播、垂直传播或者通过遗传传播的高危致死性病毒，目前为止，还没有为 ALV-J 开发有效的疫苗，主要还是通过抗性筛选的方式繁殖鸡群。作者就该问题，通过建立 circRNA 文库及 RNA-seq 获得相关数据，结合实验验证 ALV-J 病毒侵染过程中关键途径的响应，提供一个新的治疗靶点。 &n ...

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分享 [转载]原来，CircRNA也可以这么分析

马云龙 2019-3-19 10:52

环状 RNA （ circular RNAs, circRNA ）是一类由 mRNA 前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本，长度跨度从几十 bp 到几千 bp ，在表观遗传及各种细胞过程中发挥重要作用。 circRNA 主要作用机制： (1) 能够通过 miRNA sponge 方式作为一种内源性 ...

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分享 [转载]进化树分析发现：新型R.gnavus进化支富集于IBD患者肠道内

马云龙 2019-2-18 16:52

IBD （炎症性肠病）是一种慢性胃肠道炎症，该疾病可能是宿主对肠道微生物的免疫应答导致的。IBD和活性氧和活性氮的产生增加有关系。而活性氧和活性氮能引起宿主细胞和肠道微生物群的氧化应激反应。有研究发现，IBD病人肠道微生物中微生物氧化应激有关的功能通路的丰度会增加。但是该通路有关微生物未知。本 ...

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