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热搜: 科学 论文
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分享 [转载]文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析(下)
马云龙 2019-5-23 13:29
上一期的推送中我们简要介绍了一篇发表在《 Neuropsychopharmacology 》上的精神分裂症环状RNA研究,文章通过对来自DLPFC脑区的转录组测序数据进行分析,揭示了精神分裂症相关环状RNA的表达图谱。接着上期的内容,我们来继续探讨文章后半部分更为高级的生信分析内容。 环状RNA的表达变化是否与宿主基因相关联? ...
个人分类: 文献解读|524 次阅读|没有评论
分享 [转载]文献精读——精神分裂症中环状RNA表达谱分析(上)
马云龙 2019-5-23 10:56
环状RNA的研究依旧如火如荼,但在精神分裂症(schizophrenia ,SCZ)中的研究还是比较匮乏的。今年2月,发表在《 Neuropsychopharmacology 》上的一篇文章首次系统的分析了精神分裂症中环状RNA的表达图谱。这篇文章几乎全是生信分析,且从投稿到接受仅仅只用了三个月的时间,由此可见其行文的严谨性。那么,究竟是什 ...
个人分类: 文献解读|544 次阅读|没有评论
分享 [转载]2019年精准健康•医学大数据•人工智能国际高峰论坛 暨第六届精神遗传学峰会在杭州召开
马云龙 2019-5-23 10:21
杭州,这座底蕴深厚的历史人文古城,自古人杰地灵,名家辈出。 2019 年 4 月 21 日至 23 日, 2019 年精准健康·医学大数据·人工智能国际高峰论坛暨第六届精神遗传学峰会 在杭州国际博览中心隆重召开。本次会议由杭州高六博生物科技有限公司主办,树兰医疗集团、基因慧承办,杭州浙大同力会展业管理有限公 ...
个人分类: 新闻时讯|1668 次阅读|没有评论
分享 [转载]寻因溯果 — — 浅谈孟德尔随机化及其在GWAS研究中的应用
马云龙 2019-5-23 09:59
要聊起今天的话题就得从流行病学讲起。人们通常采用随机对照试验(random control trial, RCT)研究暴露因素X与疾病结局Y之间的直接关联证据,但该方法往往受限于人类医学伦理与诸多的试验设计,再加上近年来广泛出现的大样本GWAS数据,表观遗传学以及各种“组学”数据,使得在因果关系推断的研究中面临诸多挑战。借助孟德 ...
个人分类: 文献解读|1468 次阅读|没有评论
分享 [转载]R语言制作热图的一个小实例
马云龙 2019-3-20 15:40
热图(heatmap)用不同的颜色和颜色的深浅来展示数据之间的差异,直观、美丽、大方,深受科研工作者的喜爱,尤其是转录组类的文章里,几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作,比如我们最常使用的excel;还有一款比较好用的制作热图的工具是CJ大神开发的工具TBtools,在公众号生信札记有比 ...
个人分类: 生信工具学习|1188 次阅读|没有评论
分享 [转载]热点聚焦:2019精准健康-医学大数据-人工智能国际高峰论坛暨第六届中国遗传学峰会
马云龙 2019-3-20 10:48
2019年4月20-23日 中国 杭州 1 会 议 简 介 2019 精准健康·医学大数据·人工智能国际高峰论坛暨第六届中国遗传学峰会 (2019 International Summit on Precision Health, Big Data Science and Artificial Intelligence &The 6th Summit of Chine ...
个人分类: 新闻时讯|1285 次阅读|没有评论
分享 [转载]16S测序分析系列(一)菌属丰度表获取
马云龙 2019-3-20 10:14
Miseq 16S amplicon V3V4 PE300 测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从 Miseq 测序 数据中 快速提取 出可以用来统计分析的 菌属相对丰度表 ”的工作流程。该 丰度表 是做菌群研究最为基本的数据,要想发文章还必须做大量的统计分析。在以后的文章中我们会继续推出一 ...
个人分类: 生信工具学习|775 次阅读|没有评论
分享 [转载]Circ-Vav3作为gga-miR-375海绵能够促进上皮-间质转化
马云龙 2019-3-19 16:26
ALV-J 是一种能够在鸡群中通过水平传播、垂直传播或者通过遗传传播的高危致死性病毒,目前为止,还没有为 ALV-J 开发有效的疫苗,主要还是通过抗性筛选的方式繁殖鸡群。作者就该问题,通过建立 circRNA 文库及 RNA-seq 获得相关数据,结合实验验证 ALV-J 病毒侵染过程中关键途径的响应,提供一个新的治疗靶点。 &n ...
个人分类: 文献解读|704 次阅读|没有评论
分享 [转载]原来,CircRNA也可以这么分析
马云龙 2019-3-19 10:52
环状 RNA ( circular RNAs, circRNA )是一类由 mRNA 前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本,长度跨度从几十 bp 到几千 bp , 在表观遗传及各种细胞过程中发挥重要作用。 circRNA 主要作用机制: (1) 能够通过 miRNA sponge 方式 作为一种内源性 ...
个人分类: 生信工具学习|827 次阅读|没有评论
分享 [转载]进化树分析发现:新型R.gnavus进化支富集于IBD患者肠道内
马云龙 2019-2-18 16:52
IBD (炎症性肠病)是一种慢性胃肠道炎症,该疾病可能是宿主对肠道微生物的免疫应答导致的。IBD和活性氧和活性氮的产生增加有关系。而活性氧和活性氮能引起宿主细胞和肠道微生物群的氧化应激反应。有研究发现,IBD病人肠道微生物中微生物氧化应激有关的功能通路的丰度会增加。但是该通路有关微生物未知。 本 ...
个人分类: 文献解读|834 次阅读|没有评论

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