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热搜: 科学 论文
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分享 [转载]R语言制作热图的一个小实例
马云龙 2019-3-20 15:40
热图(heatmap)用不同的颜色和颜色的深浅来展示数据之间的差异,直观、美丽、大方,深受科研工作者的喜爱,尤其是转录组类的文章里,几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作,比如我们最常使用的excel;还有一款比较好用的制作热图的工具是CJ大神开发的工具TBtools,在公众号生信札记有比 ...
个人分类: 生信工具学习|1475 次阅读|没有评论
分享 [转载]16S测序分析系列(一)菌属丰度表获取
马云龙 2019-3-20 10:14
Miseq 16S amplicon V3V4 PE300 测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从 Miseq 测序 数据中 快速提取 出可以用来统计分析的 菌属相对丰度表 ”的工作流程。该 丰度表 是做菌群研究最为基本的数据,要想发文章还必须做大量的统计分析。在以后的文章中我们会继续推出一 ...
个人分类: 生信工具学习|873 次阅读|没有评论
分享 [转载]原来,CircRNA也可以这么分析
马云龙 2019-3-19 10:52
环状 RNA ( circular RNAs, circRNA )是一类由 mRNA 前体经反向可变剪切而来的共价闭合且保守的单链转录本,长度跨度从几十 bp 到几千 bp , 在表观遗传及各种细胞过程中发挥重要作用。 circRNA 主要作用机制: (1) 能够通过 miRNA sponge 方式 作为一种内源性 ...
个人分类: 生信工具学习|928 次阅读|没有评论
分享 [转载]如何选择合适的call SNP软件?
马云龙 2019-2-13 16:21
说起基因组分析,人们第一想到的往往是作为黄金标准的GATK。GATK最新出到了4.0.12版本,准确度上有了进一步的提高,其引用率从2010年到现在更是达到了9000+,可见其受欢迎的程度。但是,随着技术的进步和大量生信人员发文章的需求,总会有一些软件出来挑战GATK的地位,本次笔者依据18年发表在SCIENTIFIC REPORTS的一篇文章 ...
个人分类: 生信工具学习|1228 次阅读|没有评论
分享 [转载]经验分享|GATK4 Mutect2与 GATK3 MuTect2的应用区别
马云龙 2019-1-31 15:26
相信经常做 SNP 或者 SNV 突变位点研究的人,对 GATK 的名字一定很熟悉,它的全称是 Genome Analysis ToolKit ,是一款从高通量测序数据中分析变异信息的软件。 GATK 主要用于人类的全基因组和外显子组的测序数据,目前大部分数据来源于 Illumina 测序平台。当然,随着技术不断发展,现在也可以用于其他物种 ...
个人分类: 生信工具学习|1641 次阅读|没有评论
分享 [转载]肿瘤微卫星不稳定检测流程分享
马云龙 2019-1-31 13:58
背景知识 先来谈谈背景知识,主要是微卫星不稳定性的概念以及其在肿瘤检测方面的临床意义。有分子生物学背景的人应该知道微卫星是DNA基因组中核苷酸的简单重复序列,又称短串联重复(SSR)。因为其长度由重复单位的拷贝数决定,具有高度多态性,因此是比较早期的遗传标记。微卫星不稳定性(microsatellite instability, ...
个人分类: 生信工具学习|653 次阅读|没有评论
分享 [转载]共享文档连通linux和windows:samba服务配置
马云龙 2019-1-14 14:53
局域网内两台或多台 windows 电脑之间可以共享文档,其操作也比较简单,但是缺点是需要开启共享的 windows 电脑经常处于开机状态。如果我们有一台不会经常关机的 linux 服务器,并想利用该服务器让所有 windows 用户在 linux 上有一块共享目录,那我们就需要配置 samba 服务来完成此功能。 安装和配 ...
个人分类: 生信工具学习|556 次阅读|没有评论
分享 [转载]BART:新的GEO数据分析在线工具,亲测实用
马云龙 2018-10-31 14:49
本期笔者为大家带来的是一个专门针对 GEO 数据分析的综合在线工具的使用,此工具最近发表在 BMC Bioinformatics 上,是一个从 CELL 或 expression 表达矩阵输入到可视化分析、富集分析的综合分析平台。 简要优点如下: 1. 全面:包括 GEO 数据分析的批次效应矫正、差异分析、火山图、聚类图、 PCA ...
个人分类: 生信工具学习|5076 次阅读|没有评论
分享 [转载]circRNA 数据库系列| TRCirc:一个新的circRNA转录调控信息网站
马云龙 2018-10-23 15:26
该篇文章为数据库系列文章的第二篇,文章由哈尔滨医科大学 Chunquan Li’s Lab 8 月发表在 Briefings in Bioinformatics 杂志上文章题目为 TRCirc: a resource for transcriptional regulation information of circRNAs ,主要关注于 circRNA 的调控信息检索及可视化 下载地址 http:// doi.org/10.1093/b ...
个人分类: 生信工具学习|992 次阅读|没有评论
分享 [转载]CIRCpedia v2:circRNA注释及表达比较综合数据库(第二版)
马云龙 2018-9-27 10:54
该篇文章由上海生科院计算所杨力团队 ( 德国马普计算生物学伙伴研究所 ) 最新在线发表在 GBP 上的数据库升级文章,文章题目为: CIRCpedia v2: An Updated Database for Comprehensive Circular RNA Annotation and Expression Compariso. 本次更新内容包含六个不同物种的 180 多个 RNA-seq 数据进行 circR ...
个人分类: 生信工具学习|864 次阅读|没有评论

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