Nature Methods：基于人工重组菌群数据的宏基因组的软件评估金标准

刘永鑫 2019-1-11 14:53

近年来宏基因组学快速发展，仍面临诸多挑战。虽然出现了大量软件，但缺少标准样品的评估体系，各软件的优缺点、适用范围至今没有系统的评价，用户使用中也极难选择。本研究不仅提出了当前计算宏基因组学的挑战，并对研究特定科学问题时软件选择提供指南。 写在前面 随着测序技术的发展，宏基因组学迎来了前所末有的蓬 ...

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Nature：肠道细菌能够调节果蝇运动行为

热度 2 刘永鑫 2019-1-6 15:41

Schretter, C.E., Vielmetter, J., Bartos, I., Marka, Z., Marka, S., Argade, S., and Mazmanian, S.K. (2018). A gut microbial factor modulates locomotor behaviour in Drosophila. Nature 563, 402-406. 大家上午好，占用大家一些时间，跟大家分享一下这篇文章。这篇文章的题目是：肠道细菌能够调节果蝇运动行为 ...

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一作解读Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？

刘永鑫 2018-12-29 10:18

Microbiome杂志2018年12月26日在线发表山东大学海洋学院杜宗军组关于“未培养微生物可培养机制”的文章，在此向杜宗军团队表示祝贺，同时很高兴邀请到第一作者穆大帅副教授亲自为大家带来最原汁原味的解读。 Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？ 第一作者：穆大帅 通讯作者 ...

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再这么配培养基，你的细菌都被毒死了！

刘永鑫 2018-12-16 19:51

本文“宏基因组”公众号原创。 作者：猴头菇5518 编辑：metagenome 微生物培养基的前世 微生物学家使用琼脂培养基已有120多年的历史。在1880年，著名的微生物学家科赫（提出病原微生物科赫氏法则）发明了微生物学领域这一革命性技术: 用固体培养基进行的细菌纯培养 。这种方法解决了用液体培养基培养细菌时，各种 ...

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ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸

刘永鑫 2018-12-11 08:38

自然界中，植物、细菌和真菌共同存在于土壤中，在共同进化的过程中，彼此之间必然相互影响，协同进化。已有大量研究工作报道指出植物与其根际细菌、植物与菌根真菌两两互作的模式以及细菌影响菌根真菌的模式，比如土壤细菌组会抑制菌根真菌的活力（Svenningsen et al., 2018）、某些细菌有助于菌根真菌在根表的定殖等 ...

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评论：玉米可利用气生根进行高效生物固氮

刘永鑫 2018-12-8 09:42

2018年8月7日，PLOS Biology在线发表了关于玉米生物固氮的研究，详见下文链接： PLOS Biology: 发现一种固氮玉米 中国科学生命科学杂志特邀中国科学院遗传与发育生物学研究所白洋研究员对此文章进行评述，详见下文： 玉米可利用气生根进行高效生物固氮 王超1,2，白洋1,2 1，植物基因组学国家重点实验室，中国 ...

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Microbiome：中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建(一作解读，张和平、魏泓、秦楠点评)

刘永鑫 2018-11-30 19:37

中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建 近日，湖南农业大学曾建国教授研究团队在鸡肠道参考宏基因集构建和抗生素与植物来源的天然促生长剂的促生长机制方面的研究取得了突破性进展。其研究成果以“The chicken gut metagenome and the modulatory effects of plant-derived benzylisoquinoline alkaloids”为题于201 ...

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NBT：根际微生物组结构改变使番茄具有抗青枯病性

刘永鑫 2018-11-30 19:34

今天跟大家分享一篇最近发表在NBT上关于根系微生物组的文章。 首先，我们来了解一下文章的作者。这篇文章的工作是由来自韩国的两个课题组共同完成的。通讯作者包括两位，一位是来自延世大学的Kim， Kim的研究工作主要集中于基因组，另一位作者Lee来自东亚大学，之前参与过一项植物抗病相关的研究，发现了一种能够帮 ...

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