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如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
刘永鑫 2019-2-9 19:01
如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图 作者:赵维 中国科学院天津工业生物技术研究所 审稿:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所 写在前面 关于LEfSe分析,相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中,仍然会遇到一些问题。LEfSe以出图美观的优势吸引大家用它 ...
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cap3拼接sanger序列:在线+本地分析方法实战
刘永鑫 2019-2-4 08:59
简介 Cap3是一款历史悠久的序列拼接软件,非常适合Sanger序列拼接。此软件于1999年发表于Genome Rsearch杂志,目前Google统计引用4885次(截止2019年1月30号)。 Huang, X. and Madan, A. (1999) CAP3: A DNA sequence assembly program. Genome Res., 9, 868-877. 优秀的软件都会有在线版和本地版两个版本。在线版方便 ...
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SCI-HUB客户端(文献神器V4.0)——下载文献如此简单
刘永鑫 2019-1-15 19:50
如何简洁而优雅的下载文献? Sci-hub是大家常用文献下载神器。其数据库包括了8160万篇免费文献,能满足99%的论文需求;其用户分布在全球各个国家,中国用户数量最多。 如果有一天,你收藏的Sci-hub网址无法访问了怎么办? sci-hub确实好用,但是由于版权问题被迫经常更换网址。为了解决随时能在sci-hub下载文献,一 ...
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Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图
热度 6 刘永鑫 2018-12-13 21:41
利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图 作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和2002(4.0和4.5)的文章在过去20年引用高达11,469次,历史上主要版本(前10篇文章)引用达21,70 ...
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Nature Method:DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
刘永鑫 2018-12-8 11:27
基于多宏基因组样本的细菌生物动态定量和比较 Quantifying and comparing bacterial growth dynamics in multiple metagenomic samples Nature Methods, , Article, 2018-11-12 原文链接: https://www.nature.com/articles/s41592-018-0182-0 第一作者:Yuan Gao 通讯作者:Hongzhe Li 主要单位:宾西法尼亚 ...
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BIOM:生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
刘永鑫 2018-12-1 21:09
简介 http://biom-format.org/ BIOM格式 是微生物组领域最常用的结果保存格式 ,优点是 可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中,且格式统一,体积更小巧 ,目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持: QIIME MG-RAST PICRUSt Mothur phyloseq MEGAN VAMPS metagenomeSeq ...
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NAR:rrnDB-16S拷贝数校正数据库
刘永鑫 2018-11-24 13:20
陕西省微生物研究所 常帆 主要研究方向为土壤微生态,同时负责服务器维护和相关流程搭建。 写在前面 看到一篇文献: Microbial functional trait of rRNA operon copy numbers increases with organic levels in anaerobic digesters ( ISME:厌氧消化器中rRNA操纵子拷贝数的微生物功能特性 )(DOI https://doi.or ...
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NAR:人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病
刘永鑫 2018-11-4 18:14
人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病 The Virtual Metabolic Human database: integrating human and gut microbiome metabolism with nutrition and disease Nucleic Acids Research, , correspondence, 2018-10-30 DOI: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/ ...
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EggNOG功能注释数据库在线和本地使用
刘永鑫 2018-10-18 12:38
COG简介 COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins,直系同源蛋白簇)构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,因此是orthologs或者是paralogs。 通过把所有完整基因组的编码蛋白一个一个的互相比较确定的。在考虑来自一个给定基因组的蛋白时,这种比较将给出每个其他基因组的一个最相似的蛋白(因 ...
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