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如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图: 刘永鑫 2019-2-9 19:01; 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图作者：赵维中国科学院天津工业生物技术研究所审稿：刘永鑫中国科学院遗传与发育生物学研究所写在前面关于LEfSe分析，相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中，仍然会遇到一些问题。LEfSe以出图美观的优势吸引大家用它 ...; 个人分类: 软件|14605 次阅读|没有评论

cap3拼接sanger序列：在线+本地分析方法实战: 刘永鑫 2019-2-4 08:59; 简介 Cap3是一款历史悠久的序列拼接软件，非常适合Sanger序列拼接。此软件于1999年发表于Genome Rsearch杂志，目前Google统计引用4885次(截止2019年1月30号)。 Huang, X. and Madan, A. (1999) CAP3: A DNA sequence assembly program. Genome Res., 9, 868-877. 优秀的软件都会有在线版和本地版两个版本。在线版方便 ...; 个人分类: 软件|5655 次阅读|没有评论

SCI-HUB客户端（文献神器V4.0）——下载文献如此简单: 刘永鑫 2019-1-15 19:50; 如何简洁而优雅的下载文献？ Sci-hub是大家常用文献下载神器。其数据库包括了8160万篇免费文献，能满足99%的论文需求；其用户分布在全球各个国家，中国用户数量最多。如果有一天，你收藏的Sci-hub网址无法访问了怎么办？ sci-hub确实好用，但是由于版权问题被迫经常更换网址。为了解决随时能在sci-hub下载文献，一 ...; 个人分类: 软件|11463 次阅读|没有评论

Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图: 热度 6 刘永鑫 2018-12-13 21:41; 利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图作者：中国科学院天津工业生物技术研究所王敬敬 Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和2002(4.0和4.5)的文章在过去20年引用高达11,469次，历史上主要版本(前10篇文章)引用达21,70 ...; 个人分类: 软件|30110 次阅读|6 个评论热度 6

Nature Method：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率: 刘永鑫 2018-12-8 11:27; 基于多宏基因组样本的细菌生物动态定量和比较 Quantifying and comparing bacterial growth dynamics in multiple metagenomic samples Nature Methods, , Article, 2018-11-12 原文链接: https://www.nature.com/articles/s41592-018-0182-0 第一作者：Yuan Gao 通讯作者：Hongzhe Li 主要单位：宾西法尼亚 ...; 个人分类: 软件|5277 次阅读|没有评论

BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式: 刘永鑫 2018-12-1 21:09; 简介 http://biom-format.org/ BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式，优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于同一个文件中，且格式统一，体积更小巧，目前被微生物组领域几乎所有主流软件所支持： QIIME MG-RAST PICRUSt Mothur phyloseq MEGAN VAMPS metagenomeSeq ...; 个人分类: 软件|6828 次阅读|没有评论

NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库: 刘永鑫 2018-11-24 13:20; 陕西省微生物研究所常帆主要研究方向为土壤微生态，同时负责服务器维护和相关流程搭建。写在前面看到一篇文献： Microbial functional trait of rRNA operon copy numbers increases with organic levels in anaerobic digesters （ ISME：厌氧消化器中rRNA操纵子拷贝数的微生物功能特性）(DOI https://doi.or ...; 个人分类: 软件|5741 次阅读|没有评论

NAR：人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病: 刘永鑫 2018-11-4 18:14; 人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病 The Virtual Metabolic Human database: integrating human and gut microbiome metabolism with nutrition and disease Nucleic Acids Research, , correspondence, 2018-10-30 DOI: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/ ...; 个人分类: 软件|6063 次阅读|没有评论

EggNOG功能注释数据库在线和本地使用: 刘永鑫 2018-10-18 12:38; COG简介 COG（Clusters of Orthologous Groups of proteins，直系同源蛋白簇）构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白，因此是orthologs或者是paralogs。通过把所有完整基因组的编码蛋白一个一个的互相比较确定的。在考虑来自一个给定基因组的蛋白时，这种比较将给出每个其他基因组的一个最相似的蛋白（因 ...; 个人分类: 软件|16340 次阅读|没有评论

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