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分享 NBT-新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究
刘永鑫 2019-2-10 23:21
新年4篇35分文章聚焦宏基因组研究 Nature Biotechnology (NBT,自然生物技术,IF 35.7)在2019年2月刊( https://www.nature.com/nbt/volumes/37/issues/2 )共发表了8篇研究(Research)论文(包括3篇Letters,3篇Articles,2篇Resources),其中4篇文章发表了宏基因组学研究进展(2篇Articles+2篇Resources)。其中关于超高 ...
个人分类: 新闻|1126 次阅读|没有评论
分享 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
刘永鑫 2019-2-9 19:01
如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图 作者:赵维 中国科学院天津工业生物技术研究所 审稿:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所 写在前面 关于LEfSe分析,相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中,仍然会遇到一些问题。LEfSe以出图美观的优势吸引大家用它 ...
个人分类: 软件|1058 次阅读|没有评论
分享 DADA2中文教程v1.8
刘永鑫 2019-2-7 22:24
DADA2 R包中文使用指南 DADA2 Pipeline Tutorial 本文翻译自DADA2英文使用指南: http://benjjneb.github.io/dada2/tutorial.html 写在前面 我们将在一个小时内对DADA2(ver 1.8)包进行一个初步系统的学习。本教程使用的是已拆分好的双端illumina测序下机数据,barcode或者接头序列已经被去除。通过本流程我们 ...
个人分类: 扩增子|1554 次阅读|没有评论
分享 cap3拼接sanger序列:在线+本地分析方法实战
刘永鑫 2019-2-4 08:59
简介 Cap3是一款历史悠久的序列拼接软件,非常适合Sanger序列拼接。此软件于1999年发表于Genome Rsearch杂志,目前Google统计引用4885次(截止2019年1月30号)。 Huang, X. and Madan, A. (1999) CAP3: A DNA sequence assembly program. Genome Res., 9, 868-877. 优秀的软件都会有在线版和本地版两个版本。在线版方便 ...
个人分类: 软件|492 次阅读|没有评论
分享 免疫组库高通量分析工具:IGoR——更精确剖析免疫组库
刘永鑫 2019-2-4 08:34
免疫组库高通量分析工具:IGoR Marcou Q , Mora T , Walczak A M . High-throughput immune repertoire analysis with IGoR . Nature Communications, 2018, 9(1):561. 撰文:王庆开 萨萨里大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 题记 个人认为, 当前对于免疫组库的研究还处在上升期,如下图是一份文章发表统计,热度 ...
个人分类: 读文献|1179 次阅读|没有评论
分享 测序发展史,150年的风雨历程 (第二版)
刘永鑫 2019-2-3 16:01
测序技术的发展带来了组学技术的应用和普及,而微生物组领域也是最大的受益者之一,今天为大家带来生信宝典创作的《测序发展史,150年的风雨历程 (第二版)》,带大家回顾一下本领域的前世今生。 半年前发布第一版,这是第二版,更正了两个地方,1996年焦磷酸测序少了Mathias,2018年新增了华大最新发布的MGISEQ-T7和Il ...
个人分类: 科普|372 次阅读|没有评论
分享 一作解读:Microbiome马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展
刘永鑫 2019-2-3 15:37
Microbiome:马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展 撰文:史文聪 山东农业大学生命科学学院 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 文章信息 题目:The occurrence of potato common scab correlates with the community composition and function of the geocaulosphere soil microbiome 链接: https://microbiome ...
个人分类: 宏基因组|875 次阅读|没有评论
分享 叶际微生物定殖模型研究进展
刘永鑫 2019-1-31 15:35
叶际微生物定殖模型研究进展 作者:葛安辉 1,2 1 中国科学院生态环境研究中心,城市与区域生态国家重点实验室,北京 100085 2 中国科学院大学,北京 100049 摘要 叶际与叶际微生物组成了地球上庞大的生态系统。由于叶际生境巨大,叶际微生物对全球尺度的许多过程都起着重要的作用。近年来,随着分子 ...
个人分类: 读文献|311 次阅读|没有评论

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