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NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布: 刘永鑫 2019-8-15 22:14; 肠道微生物生物地理学的空间宏基因组特征 Spatial metagenomic characterization of microbial biogeography in the gut 译者：文涛南京农业的大学责编：刘永鑫中科院遗传发育所 Nature Biotechnology 2019-07-22 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-019-0183-2 全文链接： htt ...; 个人分类: 读文献|4384 次阅读|没有评论

Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler: 刘永鑫 2019-8-15 00:24; NG-meta-profiler：使用NGLess（一种领域专用语言）快速处理宏基因组 NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language Microbiome , 2019-06-03 Article DOI: https://doi.org/10.1186/s40168-019-0684-8 全文可开放获取 https://microbiome ...; 个人分类: 宏基因组|2342 次阅读|没有评论

Cell：新方法PopCOGenT鉴定微生物基因组间的基因流动: 刘永鑫 2019-8-13 23:51; 基于微生物种群生物学定义的逆向生态学方法 A Reverse Ecology Approach Based on a Biological Definition of Microbial Populations Cell , 2019-08-08 Article DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2019.06.033 全文可开放获取 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867 ...; 个人分类: 读文献|3181 次阅读|没有评论

QIIME 2用户文档. 1简介和安装(2019.7): 刘永鑫 2019-8-8 22:24; 写在前面 QIIME是微生物组领域最广泛使用的分析流程，9年来引用量超1.6万次， 2019年Nature杂志评为近70年来人体菌群研究的25个里程碑事件。为满足当前大数据、可重复分析的需求，北亚利桑那大学Gregory Caporaso教授于2016年起从头开发了QIIME 2，并获得了来自全世界79家单位的112名同行参与，于2018年全面接档QIIME， ...; 个人分类: QIIME2|4586 次阅读|没有评论

NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集: 刘永鑫 2019-8-7 15:40; 牛瘤胃微生物组的参考基因组集用于瘤胃微生物组生物学和酶发现的4,941个瘤胃宏基因组组装基因组的汇编 Compendium of 4,941 rumen metagenome-assembled genomes for rumen microbiome biology and enzyme discovery Nature Biotechnology 2019-08-02 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s415 ...; 个人分类: 读文献|7006 次阅读|没有评论

西湖大学鞠峰组招聘博士后-环境微生物组、污水处理与资源化方向: 刘永鑫 2019-8-5 14:50; 西湖大学鞠峰组招聘博士后环境微生物组、污水处理与资源化方向一、西湖大学简介西湖大学是一所社会力量举办、国家重点支持的非营利性的新型高等学校，于2018年2月14日获教育部批准成立。学校按照高起点、小而精、研究型的办学定位，致力于集聚一流师资、打造一流学科、培育一流人才、产出一流成果，努力为国家科 ...; 个人分类: 招聘|6768 次阅读|没有评论

NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS: 刘永鑫 2019-8-4 22:43; 宏基因组二、三代测序混合组装软件OPERA-MS 混合组装宏基因组实现高精度分析人体微生物组中的抗性基因和移动元件 Hybrid metagenomic assembly enables high-resolution analysis of resistance determinants and mobile elements in human microbiomes Nature Biotechnology 2019-07-29 Ar ...; 个人分类: 读文献|3465 次阅读|没有评论

USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程: 刘永鑫 2019-7-29 17:08; USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程 USEARCH中文帮助文档(USEARCH Chinese manual) USEARCH官方英文主页： http://www.drive5.com/usearch/ 本站经USEARCH作者Robert Edgar授权，由《宏基因组》公众号翻译的中文帮助文档和系列教程。 USEARCH简介 USEARCH是最好用的扩增子分析流程，在体积仅1 MB的软件中 ...; 个人分类: 扩增子|5482 次阅读|没有评论

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