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NC:多样性激发的确定性细菌装配过程限制了群落功能
刘永鑫 2019-9-19 19:16
多样性激发的确定性细菌装配过程限制了群落功能 翻译:马腾飞 南京农业大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 导读 由于土壤微生物的复杂性和难培养性,长期以来人类对土壤微生物的多样性及其生态功能认识不深,只能用“黑箱”来概括。土壤微生物活动是实现土壤物质循环和养分转化的功能基础,不同的微生物具有不同 ...
个人分类: 读文献|8701 次阅读|没有评论
Nature综述:鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析——2万字带你系统入门宏基因组实验和分析
刘永鑫 2019-9-17 18:38
NBT:鸟枪法宏基因组-从取样到数据分析 Shotgun metagenomics, from sampling to analysis Nature Biotechnology 2017-09-12 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/nbt.3935 第一作者:Christopher Quince 1,7 ,Alan W Walker 1,7 通讯作者:Nicola Segata 6 其它作者:Jared T Simpson, ...
个人分类: 读文献|23121 次阅读|没有评论
Cell:肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease
刘永鑫 2019-9-10 23:03
肠道微生物群调节帕金森病模型中的运动性缺陷和神经炎症 Gut Microbiota Regulate Motor Deficits and Neuroinflammation in a Model of Parkinson’s Disease Cell , 2016-12-01 Article DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.11.018 全文可开放获取 https://www.cell.com/action/showPdf ...
个人分类: QIIME2|3067 次阅读|没有评论
QIIME 2用户文档. 6沙漠土壤分析AtacamaSoil(2019.7)
刘永鑫 2019-9-10 20:36
前情提要 Nature Biotechnology:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台 1简介和安装IntroductionInstall 2插件工作流程概述Workflow 3老司机上路指南Experienced 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures Genome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析 5粪菌移植分析练习FMT Mi ...
个人分类: QIIME2|2172 次阅读|没有评论
VPN配置:实现远程访问服务器、内部网和文献下载权限
刘永鑫 2019-9-8 17:29
为了加强网络安全,研究所从今年4月起限制了所内IP地址的外部访问权限,不再提供SSH、Rstudio、FTP等远程服务访问功能。 对于有远程访问、分析数据的人员,每个课题组提供一个携带共网IP地址的VPN,实现远程访问功能。 VPN的优点 提高了安全性:服务器不再有公网IP,基本不太可能被恶意软件扫描到,或被攻击; 提 ...
个人分类: 经验|8873 次阅读|没有评论
MEGAHIT:多快好省的宏基因组装工具
刘永鑫 2019-9-4 16:54
MEGAHIT:通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案 MEGAHIT: an ultra-fast single-node solution for large and complex metagenomics assembly via succinct de Bruijn graph Bioinformatics, 2015-01-20 Article DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv033 ...
个人分类: 宏基因组|10425 次阅读|没有评论
Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件
刘永鑫 2019-9-4 16:50
Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类 Kraken: ultrafast metagenomic sequence classification using exact alignments Genome Biology, 2014-03-03 Method DOI: https://doi.org/10.1186/gb-2014-15-3-r46 第一作者:Derrick E Wood 1,2* 通讯作者:Derrick E Wood 1,2* 其它作者: ...
个人分类: 宏基因组|7699 次阅读|没有评论
Nature Methods:宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2
刘永鑫 2019-9-4 11:26
宏基因组物种组成分析工具MetaPhlAn2 MetaPhlAn2 for enhanced metagenomic taxonomic profiling Nature Methods 2015-09-26 Correspondence (通讯) DOI: https://doi.org/10.1038/nmeth.3589 第一作者:Duy Tin Truong 1 通讯作者:Nicola Segata 1 作者单位: 1 意大利特兰 ...
个人分类: 宏基因组|4800 次阅读|没有评论
Genome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析
刘永鑫 2019-9-1 14:53
人体各部位微生物组初探 Moving pictures of the human microbiome Genome Biology, 2011-05-30 Articles DOI: https://doi.org/10.1186/gb-2011-12-5-r50 第一作者J Gregory Caporaso 1 通讯作者:Rob Knight 1,8* 其它作者: Christian L Lauber, Elizabeth K Costello, Donna Berg-Lyons, ...
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NBT:设计稳定无毒的抗菌肽杀灭耐药菌
刘永鑫 2019-9-1 14:47
设计稳定无毒并在小鼠中杀死抗生素抗性细菌的广谱抗菌肽 Design of stapled antimicrobial peptides that are stable, nontoxic and kill antibiotic-resistant bacteria in mice Nature Biotechnology 2019-08-19 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s41587-019-0222-z 第一作者:Rida M ...
个人分类: 读文献|2483 次阅读|没有评论

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