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IDBA-UD:组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据
刘永鑫 2019-10-9 22:19
IDBA-UD:用于深度非常不均匀的单细胞和宏基因组测序数据的组装软件 IDBA-UD: a de novo assembler for single-cell and metagenomic sequencing data with highly uneven depth Bioinformatics, 2012-4-11 ORIGINAL PAPER DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts174 第一作者:Yu Peng ...
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嗜酸古菌的代谢和进化模式——单菌基因组和功能研究
刘永鑫 2019-10-8 16:59
极端嗜酸古菌嗜酸性铁质体的代谢和进化模式 Metabolic and evolutionary patterns in the extremely acidophilic archaeon Ferroplasma acidiphilum Y T 撰文:August 中南大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 Scientific Reports Published online 2017 Jun 16. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-01 ...
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metaProdigal:宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测
刘永鑫 2019-10-7 11:42
metaProdigal:宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测 Gene and translation initiation site prediction in metagenomic sequences Bioinformatics, 2012-7-12 ORIGINAL PAPER DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts429 第一作者:Doug Hyatt 1,2* 通讯作者:Doug Hyatt 1,2* 其 ...
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ISME:污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃(一作解读)
刘永鑫 2019-10-7 11:11
污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃 原英文标题:Wastewater treatment plant resistomes are shaped by bacterial composition, genetic exchange, and upregulated expression in the effluent microbiomes The ISME Journal, volume 13, pages346-360 (2019) DOI: https://doi.org/10.10 ...
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Prodigal:原核基因识别和翻译起始位点鉴定
刘永鑫 2019-9-25 16:41
Prodigal:原核基因识别和翻译起始位点鉴定 Prodigal: prokaryotic gene recognition and translation initiation site identification BMC Bioinformaticsvolume, 2010-3-8 Software DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-119 第一作者:Doug Hyatt 1,2* 通讯作者:Doug Hyatt 1,2* 其它 ...
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Prokka:快速原核基因组、宏基因组基因注释
刘永鑫 2019-9-25 14:45
Prokka:快速原核基因组注释 Prokka: rapid prokaryotic genome annotation Bioinformatics, 2015-11-26 Method DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu153 第一作者:Torsten Seemann 通讯作者:Torsten Seemann 其它作者:无 作者主要单位: 莫纳什大学,维多利亚生物信息学联盟, ...
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MetaQuast:评估宏基因组拼接
刘永鑫 2019-9-24 19:34
MetaQuast:评估宏基因组拼接 MetaQUAST: evaluation of metagenome assemblies Bioinformatics, 2015-11-26 Method DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv697 第一作者:Alla Mikheenko 通讯作者:Alexey Gurevich 其它作者:Vladislav Saveliev 作者主要单位: 圣彼得堡国立大学转 ...
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NC:你觉得你吃的是草,其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)
刘永鑫 2019-9-24 09:06
食叶昆虫微生物群落来源于土壤而不是取食植物 Foliar-feeding insects acquire microbiomes from the soil rather than the host plant Nature Communications, doi.org/10.1038/s41467-019-09284-w Published online 19 March 2019 第一作者:S. Emilia Hannula 1 ,Feng Zhu(朱峰) 1,2 , Robin Heinen ...
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哈佛医学院刘洋彧组诚聘博后-微生物组学方向
刘永鑫 2019-9-20 22:15
哈佛大学医学院刘洋彧实验室诚聘博士后:微生物组学方向 PI简介 刘洋彧 (Yang-Yu Liu) 博士现任哈佛大学医学院(HMS)助理教授和布莱根女子医院(BWH)副研究员 。他于 2009年从美国伊利诺伊大学(UIUC)获得统计物理学博士学位。博士期间关于无序磁性系统中相变研究的论文曾入选《欧洲物理学评论》2009年度最佳 ...
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