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热搜: 科学 论文
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分享 [转载]linux统计分析命令datamash
刘永鑫 2019-6-24 21:14
本文转载自“生信菜鸟团” 引子 之前写 awk 教程的时候,曾经提到过一些对文本中行列进行某些计算统计的需求,例如使用数组分类求和。一些基本需求 awk 都可以实现,但是写起来稍显复杂。在 R 中使用 dplyr 或者基础函数 aggregate() 可以方便的进行分组操作,如果能在 linux 中使用更加简洁的单行命令针对数值和字 ...
个人分类: Linux|103 次阅读|没有评论
分享 宏基因组 微生物组 微生态杂志简介及2019最新影响因子
刘永鑫 2019-6-21 08:36
2019年6月20日,2018年度的影响因子发布了,各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。 作为本领域的专业公众号,每年都会借此机会系统介绍一下本领域的杂志,为同行文献阅读选择、文章投稿杂志选择、毕业升职加薪助力。 祝大家2019都能实现自己的一个小目标,集齐CNS! 后台回复 影响因子 ,获得2019最新完整版影响因 ...
个人分类: 经验|169 次阅读|没有评论
分享 Nat. Med. :婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态
刘永鑫 2019-6-18 15:20
婴儿生命早期肠道病毒组和细菌微生物组的动态 Early life dynamics of the human gut virome and bacterial microbiome in infants 翻译:秋芒树 英国帝国理工学院 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 原文链接: https://www.nature.com/articles/nm.3950 Nature Medine DOI: 10.1038/nm.3950 作者:Efrem ...
个人分类: 读文献|297 次阅读|没有评论
分享 R语言大会:宏基因组数据分析和可视化套路总结
刘永鑫 2019-6-16 17:31
2019年5月25日,我应邀参加在人民大学召开的R语言大会。 《5月24-26日,第12届中国R会议(北京)可视化专场》 作题为《R语言在宏基因组数据统计分析及可视化中的应用》。虽然报告时间是早点8点半,但现场坐无虚席,后面过道都站满了人。现在80多位朋友也通过面对面建群的方式获得了课件。 后来有朋友联系我索要报 ...
个人分类: R|172 次阅读|没有评论
分享 ggThemeAssist:鼠标调整ggplot2主题,不用再记这些代码啦!
刘永鑫 2019-6-15 19:01
ggThemeAssist:鼠标调整主题,并返回代码 R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节,需要写大量代码,而且反复修改、预览,费时费力。 当然你可以用Adobe Illustrator等工具进行后期编辑,但要是图重画,所有后期编辑的工作又要重来,无法实现可重复分析,每个修改都很崩溃。 有没有更方便的方式调整主 ...
个人分类: R|281 次阅读|没有评论
分享 R语言一键批量完成差异统计和可视化
刘永鑫 2019-6-10 23:24
撰文:文涛 南京农大 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 R语言一键完成差异检测从数据到展示 单因素 差异 分析的完整方案 关键词:正态性检验;方差齐性;非参数检验;秩和检验;多重比较;带显著性字母柱状图或箱线图 由于作者水平有限,大家可以添加我的个人微信讨论细节、bug和可改进的地方(微信号:nanjingxuez ...
个人分类: 宏基因组|317 次阅读|没有评论
分享 淡水:21世纪的分子微生物生态学
刘永鑫 2019-6-9 13:13
撰文:黄朝 西北大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 淡水:21世纪的分子微生物生态学 摘要 微生物无处不在,是具有生态意义的淡水环境分类和功能多样化的组成部分。淡水系统中的细菌,古细菌和真核微生物支持一系列生态过程和功能。然而,我们对微生物生态学知之甚少。随着人类新世纪的发展,对淡水的需 ...
个人分类: 读文献|196 次阅读|没有评论
分享 还在为投文章发愁吗,也许你更适合审别人的文章——JGG期刊专职编辑招聘(IF 4)
刘永鑫 2019-6-7 22:58
主编按:还在为发表文章发愁吗,还有为文章被秒拒苦恼吗?也许你可以跳出投文章的怪圈,成为文章的审判者。现在就有一个优秀的杂志等着你,遗传学报(Journal of Genetics and Genomics,简称JGG)正在招聘编辑,目前影响因子大于4分,依托单位可是中科院遗传发育所,这可是CNS大满贯,年发顶级文章(IF20)10余篇的牛所 ...
个人分类: 招聘|490 次阅读|没有评论
分享 NBT封面文章:水稻根系微生物组与氮肥利用效率关系(端午水稻专题)
刘永鑫 2019-6-6 14:53
今天端午节,祝大家节日快乐! 大家每年端午节都吃粽子,制作粽子的主要材料是糯米(一般南方称糯米,北方称江米)。水稻按亚种可主要分为籼稻和粳稻、按糯性可分为糯稻和非糯稻(糯性)。糯稻只是水稻中的一个变种,支链淀粉含量高,因此煮熟后粘度较高。 下面这篇文章讲述了一个水稻根系微生物组与籼粳稻亚种氮肥利用 ...
个人分类: 新闻|387 次阅读|没有评论
分享 NAR:antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测
刘永鑫 2019-6-3 11:09
之前我们介绍过 《antiSMASH:微生物次生代谢物基因簇预测》 的使用实例和结果解读。此软件目前累计发表5篇NAR,引用超3千次。今天为大家带来了全新的antiSMASH数据库第二版。来看看有哪些更新和新功能。 antiSMASH数据库第2版:次级代谢产物生物合成基因簇的综合资源 The antiSMASH database version 2: a compr ...
个人分类: 读文献|329 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2019-6-25 05:34

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