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ggplot2版聚类物种丰度堆叠图
刘永鑫 2020-4-16 23:50
写在前面 随着研究的逐渐深入,我们对绘图的要求越来越高,各种之前使用的较少的图形如今追求热度和新颖程度,都开始逐渐在大文章中显现。如下图。 这是最近刚发表于Nature Ecology Evolution中的图1b。如何绘制呢? Thorsten Thiergart, Paloma Durán, Thomas Ellis, Nathan Vannier, Ruben Garrido-Oter, Er ...
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差异分析完整解决方案
刘永鑫 2020-3-16 19:43
差异分析完整解决方案 写在前面 最初这份脚本是这样的: R语言一键批量完成差异统计和可视化 ,当时我们发布的,但是我封装的比较严重,每个步骤不能分开跑,只能按照流程从一而终,后来我做 升级版:查看升级版本 ,将多重比较方法和可视化进行了丰富,再后来我发现正态分布函数错误,所以又进行了 更正:查看更正版本 ...
个人分类: R|404 次阅读|没有评论
差异分析完整解决方案-EasyAovWlxPlot使用指南
刘永鑫 2020-2-14 15:38
写在前面 最初这份脚本是这样的: R语言一键批量完成差异统计和可视化 。当时我们发布的版本,我封装的比较简单,每个步骤不能分开跑,只能按照流程从一而终,后来我做 升级版:查看升级版本 ,将多重比较方法和可视化进行了丰富,再后来我发现正态分布函数错误,所以又进行了 更正:查看更正版本 ,最后就是咱们这篇教 ...
个人分类: R|307 次阅读|没有评论
MIMOSA2: 基于微生物组和代谢组数据的整合分析
刘永鑫 2020-2-13 22:17
MIMOSA2: 基于微生物组和代谢组数据的整合分析 MIMOSA2 升级自MIMOSA1。是 Borenstein 实验室( http://borensteinlab.com/ , 专注宏基因组系统 生物学)最新开发的工具。用于微生物群落和代谢组的整合分析,寻找微生物和代谢产物之间的关系。 先前Borenstein bab开发过Fishtaco工具( http://borensteinlab.com/soft ...
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手把手重现Science的主图Maptree
刘永鑫 2020-1-1 12:00
手把手重现Science的主图-Maptree 写在前面 最近一篇Science的图表中第一幅主图使用圆堆积图(circle packing chart,是树图Treemap/Maptree的一种变体)展示,让我们惊艳到了。详见 《Science:病原菌激活植物内生菌群的抑病功能》 。通过宏基因组提取16S rRNA基因序列注释细菌群落并统计不同门类细菌差异,最大的圈代 ...
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重现2篇Nature中GraPhlAn绘制的超高颜值物种树Cladogram
刘永鑫 2019-11-28 19:13
GraphLan绘制教程 我们经常在文章中看到这样的图 Yang Bai, Daniel B. Müller, Girish Srinivas, Ruben Garrido-Oter, Eva Potthoff, Matthias Rott, Nina Dombrowski, Philipp C. Münch, Stijn Spaepen, Mitja Remus-Emsermann, Bruno Hüttel, Alice C. McHardy, Julia A. Vorholt Paul Schulze-Lefert. Fu ...
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Nature Methods:快速准确的微生物来源追溯工具FEAST
刘永鑫 2019-6-25 21:38
FEAST: 快速准确的微生物来源追溯工具 FEAST: 快速期望最大化的微生物来源追溯 FEAST: fast expectation-maximization for microbial source tracking Nature Methods 2019-06-10 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-019-0431-x 第一作者:Liat Shenhav 1 通讯作者:Eran ...
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R语言大会:宏基因组数据分析和可视化套路总结
刘永鑫 2019-6-16 17:31
2019年5月25日,我应邀参加在人民大学召开的R语言大会。 《5月24-26日,第12届中国R会议(北京)可视化专场》 作题为《R语言在宏基因组数据统计分析及可视化中的应用》。虽然报告时间是早点8点半,但现场坐无虚席,后面过道都站满了人。现在80多位朋友也通过面对面建群的方式获得了课件。 后来有朋友联系我索要报 ...
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ggThemeAssist:鼠标调整ggplot2主题,不用再记这些代码啦!
刘永鑫 2019-6-15 19:01
ggThemeAssist:鼠标调整主题,并返回代码 R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节,需要写大量代码,而且反复修改、预览,费时费力。 当然你可以用Adobe Illustrator等工具进行后期编辑,但要是图重画,所有后期编辑的工作又要重来,无法实现可重复分析,每个修改都很崩溃。 有没有更方便的方式调整主 ...
个人分类: R|2081 次阅读|没有评论
R包circlize:柱状图用腻了?试试好看的弦状图
热度 1 刘永鑫 2019-3-25 17:04
柱状图用腻了?试试好看的弦状图 作者:郑伟 西北农林科技大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 弦图简介 总体来讲,弦图是一种可视化微生物物种或基因相对丰度的方法。平时大多数时间我们看到的文章一般都用柱状图表示微生物或者基因的相对丰度,弦图和柱状图最大的区别就在于它不仅可以用来表示微生物物种或者基 ...
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GMT+8, 2020-5-29 15:33

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