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分享 Nature Methods:快速准确的微生物来源追溯工具FEAST
刘永鑫 2019-6-25 21:38
FEAST: 快速准确的微生物来源追溯工具 FEAST: 快速期望最大化的微生物来源追溯 FEAST: fast expectation-maximization for microbial source tracking Nature Methods 2019-06-10 Articles DOI: https://doi.org/10.1038/s41592-019-0431-x 第一作者:Liat Shenhav 1 通讯作者:Eran ...
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分享 R语言大会:宏基因组数据分析和可视化套路总结
刘永鑫 2019-6-16 17:31
2019年5月25日,我应邀参加在人民大学召开的R语言大会。 《5月24-26日,第12届中国R会议(北京)可视化专场》 作题为《R语言在宏基因组数据统计分析及可视化中的应用》。虽然报告时间是早点8点半,但现场坐无虚席,后面过道都站满了人。现在80多位朋友也通过面对面建群的方式获得了课件。 后来有朋友联系我索要报 ...
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分享 ggThemeAssist:鼠标调整ggplot2主题,不用再记这些代码啦!
刘永鑫 2019-6-15 19:01
ggThemeAssist:鼠标调整主题,并返回代码 R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节,需要写大量代码,而且反复修改、预览,费时费力。 当然你可以用Adobe Illustrator等工具进行后期编辑,但要是图重画,所有后期编辑的工作又要重来,无法实现可重复分析,每个修改都很崩溃。 有没有更方便的方式调整主 ...
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分享 R包circlize:柱状图用腻了?试试好看的弦状图
刘永鑫 2019-3-25 17:04
柱状图用腻了?试试好看的弦状图 作者:郑伟 西北农林科技大学 责编:刘永鑫 中科院遗传发育所 弦图简介 总体来讲,弦图是一种可视化微生物物种或基因相对丰度的方法。平时大多数时间我们看到的文章一般都用柱状图表示微生物或者基因的相对丰度,弦图和柱状图最大的区别就在于它不仅可以用来表示微生物物种或者基 ...
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分享 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
刘永鑫 2019-2-11 23:22
使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图 作者:刘梦瑶 诺禾致源 微生物信息 审稿:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所 ComplexHeatmap包由顾祖光博士创建,是一个非常全面的绘制热图的R包,可以利用它来绘制许多文献中的美图,例如下图展示的16S文献分析中的热图。这里主要介绍一下如何用这个R包来绘制类似的个性化 ...
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分享 [转载]使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图
刘永鑫 2019-2-11 23:21
使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图 作者:赵维 诺禾致源 微生物信息 审稿:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所 ComplexHeatmap包由顾祖光博士创建,是一个非常全面的绘制热图的R包,可以利用它来绘制许多文献中的美图,例如下图展示的16S文献分析中的热图。这里主要介绍一下如何用这个R包来绘制类似的个性 ...
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分享 R语言:生成正态分布数据生成--rnorm,dnorm,pnorm,qnorm
刘永鑫 2018-12-8 22:05
norm是正态分布,前面加r表示生成随机正态分布的序列,其中rnorm(10)表示产生10个数;给定正太分布的均值和方差, Density(d), distribution function(p), quantile function(q) and random(r) generation for the normal distribution with mean equal to mean and standard deviation equal to sd. rnorm生成随机正 ...
个人分类: R|820 次阅读|没有评论
分享 R语言:聚类分析hclust
刘永鑫 2018-12-8 21:06
# 生成测试数据 # 产生0-1之间均匀分布Uniform Distribution的数值 x = runif(10) y = runif(10) # 得到2维的数组:按列合并 S = cbind(x,y) # 赋予名称,便于识别分类:生成Name1-Name10的系列名赋予数组行名 rownames(S) = paste(Name,1:10,) # 数值计算距离 out.dist=dist(S,method=euclid ...
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分享 基础004:R语言数据处理和变换——dplyr
刘永鑫 2018-8-7 19:42
本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:秦媛 原文链接: 基础004:R语言数据处理和变换——dplyr(1) dplyr 背景简介 在处理数据的过程中,经常需要根据需求从完整的实验设计和数据中筛选、整理出可以直接使用的部分,这就涉及到数据整理和变换工作。 常用的数据整理和变换主要包括以 ...
个人分类: R|955 次阅读|没有评论
分享 Basic005. Intro to statistics basic terms统计名词介绍
刘永鑫 2018-8-7 19:35
本文“植物微生物组”公众号原创,ID: plantmicrobiome 作者:Tank 原文链接: Intro to Statistics with R (HarvardX series PH525x) Introduction to Random Variables 这个哈佛大学的 PH525x公开课相对基础通俗也不失其专业性,适合生统生信领域甚至纯生物背景的人士自学,整个系列教程结合RMarkdown的Coding sty ...
个人分类: R|509 次阅读|没有评论

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