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lizm526726 2017-12-19 23:02
老师,我有个问题想请教您,我现在在做一个项目,由90个样本,测的宏基因组,我想对宏基因组的数据的contigs聚类成binning,该如何操作呢? 我现在的做法是将每个样品的fastq map to contigs,得到覆盖深度,在根据覆盖深度进行聚类(concoct软件),得到的binning在用checkM软件进行评估。现在的问题是,我的项目是多个样本,而我现在得到的binning是每个样本的bining,所以后续我不知道该如何整合起来。 我看到14年的nature method的方法是将所有阳样品的fastq文件组装成一个contigs,但是他没有提供具体的方法。 老师您能给我一 ... ...
liubin207702 2017-8-16 15:46
刘老师 您好有两个问题想请教您1、我刚开始学习Repbase数据库这方面的知识  小RNA分析时  去重复序列时  是直接和数据库中的fasta序列比对?
2、您有RepBase22.07.fasta.tar.gz文件么
chenwei1227 2017-8-14 10:57
刘老师,你好!一直跟着公众号宏基因组学习扩增子分析,但是在安装Cutadapt后,敲击命令,却显示cutadapt: command not found,不知道是哪里出了问题,盼复!谢谢!
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[转载]Annual Review:人与微生物组 2018-01-16
本公众号之前推荐并解读过一篇植物微生物组综述 《Annu Rev:植物微生物组—系统见解与展望》 ,今天再给大家推荐一篇人类微生物组的综述。 本文是 Rob Kn ...
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Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗?快看此文 2018-01-16
关于测试数据共享文件声明 百度云是一种非常方便的文件共享方式,但是有时会出现文件无法通过审核,导致大家访问失败?之前团队分享视频(百度管片最严,你懂 ...
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3分和30分文章差距在哪里? 2018-01-14
好的分析和可视化,可以提供大量的信息,同时兼顾简洁优雅。 今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素,仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文 ...
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比PCA更好用的监督排序—LDA分析、作图及添加置信-ggord 2018-01-07
线性判别分析LDA 线性判别分析,英文Linear Discriminant Analysis, 以下简称LDA。LDA在模式识别领域(比如人脸识别,舰艇识别等图形图像识别领域)中有非常 ...
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NC:自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作(微生物组关... 2018-01-06
之前我们平台分享过 《Nature:宏基因组关联分析》 综述,让大家系统的了解这一领域。同时还分享过一篇   《GigaScience:谷子产量与微生物组关联分析》 ...
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16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun 2018-01-03
之前在公众号的文章 《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》 阅读人数近3000人,有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件,之前已经介绍了其中非常有特点 ...
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ggrepel-解决散点图样品标签重叠,方便筛选样品 2018-01-02
ggrepel解决标签之间重叠问题 简介 有时样本比较多,而我们想在图形中添加标签的时候,容易出现标签遮盖的问题。 尤其是在扩增子研究中,在相同基因型、环 ...
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宏基因组公众号2017年发展简史和十大热文盘点 2018-01-01
回顾2017年,是宏基因组公众号从无到有的一年。从一人独行,到多人分享,更是我个人成长最大的一年,也同样是很多朋友事业再上新台阶的一年。感谢几十位贡献者 ...
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