生物多样性保护的目的是在不减少遗传多样性、保持原始生境前提下，使各物种和谐相处从而有利于生态系统的可持续运转。由于长序榆是1979年发现的植物新种，所以在开展长序榆生物学研究之时应该加强宣传，普及长序榆的科学知识(上官铁梁 & 张峰, 2001)。从目前濒危植物保护的方法来看，主要是以就地保护为主(张文辉等, 2002)。就地保护不仅可以维持群落的原生境，而且还可以使群落自然演替。针对目前长序榆分布的情况，安徽歙县、浙江临安、开化和遂昌等地，应以就地保护为主，同时还应该扩大保护区的核心区面积，避免由于保护面积过小而产生的灭绝事件(Krauss et al., 2010)。如果确定林内无其他受保护的物种，可以适当砍伐地段内高大的乔木，增大群落的透光量，改善长序榆的生存条件(邹高顺, 1995)。

        对于浙江松阳、江西武宁和福建南平长序榆母树极少的地区，为了保护长序榆的遗传多样性，需优先以迁地保护为主，并坚决禁止对长序榆的砍伐和对生境的进一步破坏(吴刚等, 2000)。在选择长序榆生境时，应充分考虑长序榆的生存能力，选择长序榆能得到充分发展的优越生境(刘鹏等, 2008)，如根据我们的观察，土壤有机质含量较高的向阳山坡就比较有利于长序榆的生长。在迁地保护时，除了采用扦插繁殖扩大种群外，还应该积极探讨组培、分子育种等新技术手段培养优质种质资源(Trusty et al., 2009; Fay, 1992)。

        物种遗传单一往往是其对环境适应能力变弱和濒危的一个原因。Gil等(2004)对英国榆(Ulmus procera)的研究表明，其基因多样性单一是导致易感荷兰榆病的根本原因。姚小洪等(2007)认为濒危植物长果秤锤树(Changiostyrax dolichocarpa)虽然种间基因多样性较为丰富，但处在严重生境片段化的条件下也是极易走向灭绝的。然而，像长序榆这样的大型乔木是不是一定会由于生境片段化导致遗传漂变和自交衰退 (Kramer et al., 2008)、以及基因多样性的变化对生境破碎的响应是否更敏感值得进一步研究(Honnay & Jacquemyn, 2007)。另外，长序榆在榆属、榆科的系统进化地位和如何确定优先保护种群也是下一步研究的重点(Morlon et al., 2011)。