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如何计算遗传相关(How to)

已有 4926 次阅读 2018-5-7 17:51 |个人分类:数量遗传学|系统分类:科研笔记

Q1

植物或林木育种中,我的数据类型包括基因型(品种),地点(环境),重复(或者无重复),还有一系列性状,比如株高、产量等等,我怎么计算性状间的遗传相关,并且给出显著性?

示例数据

数据描述:location为地点,Genotype为基因型,Rep为重复,DWKPlant, DWKEar, TW, KDM, TKW为性状,想要计算这5个性状之间,两两的遗传相关和表型相关,并给出显著性
图片.png

常见误区

直接计算表型值的相关系数r,r这里并不是遗传相关和表型相关,而只是性状间的相关系数

图片.png

正确做法

首先要运行多性状模型,计算性状间的遗传协方差组分(Gcov12)和遗传方差组分(G11,G22)

图中,黄色的表示方差组分,绿色的表示协方差组分,蓝色的是计算的遗传相关:
计算公式:
图片.png

图片.png

GenStat界面

数据

图片.png

模型

图片.png

asreml-r代码

mod <- asreml(cbind(DWKEar, DWKPlant, KDM, TKW, TW) ~ trait + trait:(location + Rep), random=~ us(trait):Genotype, rcov =~ units:us(trait), data=dat)



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1 杨正瓴

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