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线性混合模型学习笔记2:公式解释
邓飞 2020-9-12 10:11
上一章节中(http://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1195363.html),我们介绍了混合线性模型中的模型假定,这一章节,用一个动物育种的示例,介绍固定因子,随机因子以及相关矩阵的推导,明确什么是G矩阵,什么是R矩阵,以及他们和方差组分的关系。直和和直积也是重要的概念,特别是多个随机因子以及随机因子有互作时, ...
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为什么体型比星座更能影响性格?
邓飞 2019-10-26 22:03
1. 体型分为哪几种? 这个有很多流派,介绍一下克雷奇米的理论,把体型分为四种: 每个体型包括性格特征和易患病症。 矮胖型,具有狂躁气质,高血压,高血糖 瘦高型,具有分裂气质,精神分裂,自我封闭 强壮型,具有黏着气质,冲动,癫痫症 发育异常型,抑郁气质,抑郁症 换句话说,胖子十有八 ...
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混合线性模型笔记1:模型假定
邓飞 2019-8-27 06:46
前言 之前的GS专栏中,我们介绍了基因组选择中的理论,实践代码,数据过滤,模型介绍等。在基因组选择中,BLUP的方法应用范围最广,BLUP是混合线性模型中随机因子的效应值,因此想要了解基因组选择,混合线性模型是基础。 因此下面几篇博文中我们将系统介绍混合线性模型的基本知识,包括模型定义,公式推导,似然函数 ...
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asreml 设定初始值 固定初始值
邓飞 2019-7-23 21:58
1. 背景 一个朋友问我,如何固定asreml的初始值,现在分为单性状和多性状进行说明。 为何要固定初始值: 1,由于群体较小,估算的方差组分不准确,需要手动设定初始值,直接进行求解 2,有些群体数据,估算方差组分不收敛,需要手动固定初始值 为何要设定初始值: 1,从头进行估算,模型运行时间较长,根据先验信 ...
个人分类: 数量遗传学|947 次阅读|没有评论
可以做structure的R语言包:LEA
邓飞 2019-5-29 20:33
关于分群的软件,之前写了 structure 2.3.4 软件使用指南 ,软件虽然有windows版本,但是操作太麻烦了,也写了 Admixture使用说明文档cookbook ,但是只有Linux版本,使用起来有难度。难道不能使用R语言进行structure绘图么?结果来了:LEA! 1. paper LEA: An R package for landscape and ecological assoc ...
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DMU在windows下安装测试—外篇1
邓飞 2019-5-11 19:31
1. 下载地址 下载地址: http://dmu.agrsci.dk/ 64为电脑安装 DMUv6-R5-2-EM64T.msi , 32为电脑安装 DMUv6-R5-2.msi 2. 安装DMU 3. 测试DMU是否安装成功 3.1 保存测试数据 #dir.create(d:/ddmu-test)setwd(d:/ddmu-test/)library(devtools) install_github(dengfei2013/learnasreml)l ...
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blupf90的无敌与寂寞
邓飞 2019-5-9 17:35
写在最前面 BLUPF90号称遗传评估领域的三剑客之一(另外另个是 ASREML和DMU), 基因组时代的到来, BLUPF90应该是最先开发了支持基因组数据的模块, 并且里面的基因组数据过滤筛选非常友好, 它还有哪些神奇的功能呢? SSGWAS, 之前的GWAS都是基于G矩阵或SNP数据, 现在同时可以利用系谱和SNP信息, 想不想试试SSGWAS呢? PC ...
个人分类: 数量遗传学|1561 次阅读|没有评论
GCTA PCA分析以及软件安装教程
热度 1 邓飞 2019-4-27 18:51
软件介绍系列 1. GCTA介绍 在群体遗传中,GCTA中做PCA非常方便, 下面介绍一下GCTA的安装方法. 2. 安装命令 使用conda自动安装 condainstall-cbiobuildsgcta 手动安装 官方地址 说明文档 3. 安装成功测试 这里, 应该键入 gcta64 , 而不是 gcta (base) $gcta64 ...
个人分类: 数量遗传学|5088 次阅读|5 个评论 热度 1
Admixture使用说明文档cookbook
热度 1 邓飞 2019-4-25 21:15
软件介绍 基因组选择中, 有时候测量了很多家系,如果想看一下这些家系的分类情况,可以使用软件对其进行分群。一般使用的软件就是STRUCTURE,但是STREUTURE运行速度极慢,admixture凭借其运算速度,成为了主流的分析软件。下面介绍一下admixture的使用方法。 官方网址 Admixture http://software.genetics.ucla.e ...
个人分类: 数量遗传学|4988 次阅读|2 个评论 热度 1
一步法中混合线性模型方程组构建和控制--blupf90
邓飞 2019-4-12 18:54
参考文献 http://nce.ads.uga.edu/wiki/lib/exe/fetch.php?media=singlestepblupf90.pdf 1,ABLUP VS SSGBLUP 传统ABLUP与SSGBLUP的区别在于,原来的A逆矩阵变为了H逆矩阵 传统的动物模型计算BLUP值 根据系谱计算A矩阵,然后使用Henderson方程组计算BLUP(EBV值) SSGBLUP计算BLUP值 2,BLUPF90怎么 ...
个人分类: 数量遗传学|1969 次阅读|没有评论

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