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如何恢复森林?– 从嘉道理农场的森林恢复样地说起
热度 3 张金龙 2021-2-16 14:55
内容提要 1华南地区的原始森林 2森林破坏的一般模式 3香港森林的分布与特点 4森林破坏之后自然恢复一段时间后的特征 5森林能自己恢复吗? 6人们希望恢复生态系统功能 7人工恢复不如自然恢复吗? 8我们正在做什么工作? 8.1 ...
个人分类: 科研笔记|6161 次阅读|6 个评论 热度 3
群落系统发育研究不能脱离理论框架
张金龙 2020-12-30 09:14
导读 群落系统发育(community phylogenetics)研究最初是为了探讨群落内物种共存而提出的,但近些年不少研究逐渐脱离了其理论框架,如(1)有些研究将系统发育理论框架用于群落以外的地理尺度,但没有充分考虑地理和历史过程的影响;(2)缺乏对物种的功能性状进行系统发育信号(Phylogenetic signal)检验;(3)将 ...
个人分类: 科研笔记|2884 次阅读|没有评论
用plantlist程序包查询和处理植物学名 (plantlist 0.6.5)
热度 3 张金龙 2020-5-11 12:36
用plantlist程序包查询和处理植物学名 张金龙 2020-05-11 plantlist包简介 plantlist是用来查询和处理植物学名的R程序包,自2013年发布以来,受到很多老师和同学的关注。 plantlist的主要功能 批量查询植物科属,内置的数据主要来源于The Plant List网站 ( www.theplantlist.org/ ),其中被子植物采用APGIII分类系 ...
个人分类: 科研笔记|5074 次阅读|6 个评论 热度 3
什么是系统发育独立差(Phylogenetic Independent Contrast)?
热度 2 张金龙 2020-2-20 00:16
张金龙、徐姗 系统发育独 立差(Phylogenetic Independent Contrast, PIC)是去除性状分析中物种系统发育关系的一种方法,是美国进化生物学家 J. Felsenstein于1985年提出的。 当时,有动物学家检验了若干哺乳动物脑容量和体重的相关性。然而,所用 统计方法都假设各个种的性状是相互独立的,采集自同 ...
个人分类: 科研笔记|4805 次阅读|3 个评论 热度 2
计算进化树末端节点出现的时间及两节点共同祖先(MRCA)的年龄
张金龙 2020-1-10 14:27
Jinlong Zhang 1/10/2020 目的: 建立进化树 获得进化树中每个种的延续时间 获得某两个种最近共同祖先(MRCA)距离现在的时间 代码 setwd(C:/Users/jlzhang/Desktop/age) library(plantlist) #devtools::install_github(helixcn/plantlist) ##Thi ...
个人分类: 科研笔记|4788 次阅读|没有评论
一个群落beta多样性分析的完整R脚本
热度 2 张金龙 2019-7-10 09:13
本文给出Abbas S. et al. (2019)的完整R脚本,内容包括群落稀疏化曲线、beta多样性和指示种分析、mantel检验、NMDS非参数排序、空间关系的PCNM转换和前向筛选、方差分解等各种分析以及作图等,供感兴趣的同行参考。 本R脚本全部为本人编写, 因群落数据本人无权公开,这里只公布R脚本。篇幅所限,部分数据分析段落有删 ...
个人分类: 科研笔记|9029 次阅读|7 个评论 热度 2
谈谈信息时代的分类学家与植物名录的编纂
张金龙 2019-5-8 14:47
内容提要 近年来,智能手机逐渐普及,人们得以用手机快速拍摄并通过人工智能识别植物;智能手机和数码相机的普及导致植物照片数量迅速增加。不过,植物学家仍然需要很长时间的专业训练,才能成为田野植物学家或者类群专家。类群专家的研究更为专门化,大量使用分子系统学证据用于分类学研究。植物名录是植物志与植物检 ...
个人分类: 科研笔记|2561 次阅读|没有评论
群落系统发育分析常见问题合集
热度 5 张金龙 2019-1-6 16:16
PDF: 群落系统发育常见问题合集 张金龙.pdf R Markdown 源代码 https://github.com/helixcn/comphylo_faq 入门 群落系统发育入门资料 提问 : 能不能介绍些phylogenetic方面的入门资料及其在生态学方面的应用呢? 回复 : 系统发育分析入门最好的教材,我觉得是 The phylogenetic h ...
个人分类: 科研笔记|40477 次阅读|7 个评论 热度 5
谈谈科研论文的追踪、管理和阅读
热度 4 张金龙 2018-10-12 08:45
阅读文献是了解各研究领域内新动态的最重要途径。通过阅读最近出版的论文,研究人员可以了解国内外同行做了什么,怎么做的,得到了什么重要结论等。及时找到感兴趣的专业文献,并尽可能将重要文献吃透,对于研究是至关重要的。 当前,检索文献的主要方式是直接在数据库,特别是谷歌学术搜索关键词,找到关键论文后,再 ...
个人分类: 科研笔记|13354 次阅读|6 个评论 热度 4
怎样为学术期刊审稿?
热度 1 张金龙 2018-10-9 18:02
本文主要根据Elisabeth Pain编写的 How To 系列内容编译(见文末网址)。 为什么要为学术刊物审稿? 评价稿件质量,确保研究的原创性和创新性 提高稿件质量,减少错误使用研究方法或错误阐述研究发现等 帮助编辑确定稿件是否应该发表 审稿对审稿人有什么好处? 了解学科最新进展 促进职业生涯的发 ...
个人分类: 科研笔记|13058 次阅读|4 个评论 热度 1

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GMT+8, 2021-10-21 07:51

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